就在确认不侵权之诉进行过程中，法院尚未宣判，行政执法部门就开始行动了。2003年8月，27日，北京西城工商分局对中国社会科学出版社做出查扣2万余册图书、罚款35万元的行政处罚。在申请行政复议被维持的情况下，中国社会科学出版社只好以不服行政处罚为由，将北京西城工商分局也告上北京一中院行政庭。适用的法律不同，判决结果迥异。
就在该案宣判6天以后，
法院认为，根据商标法实施条例第四十九条的规定，注册商标中含有本商品的通用名称、图形或者直接标识商品的质量、主要原料及其他特点的，注册商标专用权人无权禁上他人正当使用。
法院还认定，中国社会科学出版社以“彼得兔”作为丛书的名称符合出版惯例，是对作品内容的直接表述；扉页上使用的作品英文名称、扉页图及插图，均源自毕翠克丝·波特相应故事的英文名称和插图，完全是忠于原作品名称的使用方式，是著作权意义上的作品使用，而非标识性使用，不会造成公众的混淆和误认，其行为具有正当性。据此，北京一中院知识产权庭认定中国社会科学出版社未侵权。
但是，法院驳回了中国社会科学出版社对“兔子小跑图”、“兔子小跑图外加圆环”两个图形商标的起诉。理由是，中国社会科学出版社已就北京西城工商分局所做处罚一事获得了相应的司法救济，不应通过提起确认不侵权之诉的方式再次请求人民法院对此问题予以认定。因此中国社会科学出版社目前尚不具备提起确认该两个商标不侵权之诉的前提条件。
出版社叫冤，两起案件都已上诉
中国社会科学出版社代理律师倪晓红告诉记者，该案件最引人关注的就是请求确认不侵权之诉。中国社会科学出版社认为自己并未侵权，却遭到投诉，工商部门介入调查，这些导致出版社的经营受到了很大的影响。出版社希望尽快明确自己行为的法律性质，不得已以才提出请求确认不侵权之诉。当时中国社会科学出版社还向工商部门提出请求，请求他们在法律认定结论出来以后再进行行政处理。但是，北京西城工商分局还是在不侵权之诉提起两个月后认定他们侵犯了对方的商标权，对他们处以巨额罚款。
“我们提出请求确认不侵权之诉，已经进入法律程序，等待由法院认定是否侵权，行政执法部门有没有必要这样急于做出结论?”倪晓红对此提出自己的疑问，对于两个法庭审理后的结果，倪晓红表示，两案本来是基于同一事实，又在同一法院审理，不同法庭竟然出现了两种截然不同的认定结果，在她看来，这样的结果是“戏剧性的”。
目前，两起案件都已经上诉。
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作者：李滨