(一)股权转让协议履行完毕与否的税务处理
根据《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》(国税函[2005]130号)的规定，个人转让股权的所得税按以下两种情况处理：
一是股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。基于此规定，如果股权转让协议已经履行，履行的标志是受让人已经向转让方支付了股权转让款，并在当地工商部门办理了工商变更登记手续。则当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。
二是股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。基于以上规定，个人在进行股权转让时，必须要考虑清楚股权转让协议的履行完毕与否的税收负担问题，如果不想实质上进行股权转让，则在签订股权转让协议之后，不需要进行工商登记，不要支付股权转让款，则股权转让协议是法律上的未履行完毕，可以退回协议，可以节省股权转让中的个人所得税。
(二)自然人转让股权计税依据明显偏低的税务处理
1、转让股权计税依据明显偏低的判断标准
《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)第十二条符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:
(1)申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的;
(2)申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;
(3)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的;
(4)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的;
(5)不具合理性的无偿让渡股权或股份;
(6)主管税务机关认定的其他情形。
2、转让股权计税依据明显偏低的三种核定方法
《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)第十四条主管税务机关应依次按照下列方法核定股权转让收入:
(1)净资产核定法
股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。6个月内再次发生股权转让且被投资企业净资产未发生重大变化的，主管税务机关可参照上一次股权转让时被投资企业的资产评估报告核定此次股权转让收入。
(2)类比法
参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定;
参照相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入核定。、
(3)其他合理方法
主管税务机关采用以上方法核定股权转让收入存在困难的，可以采取其他合理方法核定。