银行、证券公司、保险公司等金融机构的服务对象是数量众多的社会公众，金融机构的破产除了要保证债权人获得公平清偿外，还需要特别注意保护公众债权人的利益，维护国家经济秩序的稳定。因此金融机构的破产程序有其特殊性。企业破产法对此作出了有针对性的规定：
首先，金融机构破产也要适用企业破产法规定的程序。
其次，金融机构破产，除了债权人、债务人可以作为申请人外，国务院金融监管机构也可以作为申请人，向人民法院提出对金融机构进行破产重整或者破产清算的申请。
第三，金融机构实施破产的，国务院可以依据企业破产法和其他有关法律的规定制定实施办法。
此外，在实践中，对出现重大经营风险的金融机构,通常先由金融监管机构依照有关金融法律的规定实施接管、托管等措施,进行挽救,对不能恢复正常运行的,再进入破产程序。为了防止在此期间一些债权人通过向当地法院提起诉讼和要求强制执行，抢先取得金融机构的财产,造成金融监管机构采取的接管、托管等措施无法正常进行,有必要暂时中止涉及该金融机构的民事诉讼和执行措施。为此,企业破产法在第一百三十四条专门作出规定:国务院金融监管机构依法对出现重大经营风险的金融机构采取接管、托管等措施的,可以向人民法院申请中止以该金融机构为被告或者被执行人的民事诉讼和执行措施。