《医疗事故处理办法》》)第三十六条至第三十九条规定了医疗事故鉴定的行政确认程序，这是现行《医疗事故处理办法》中所没有的。行政确认程序的核心内容是：卫生行政部门在收到医疗事故技术鉴定委员会的医疗事故技术鉴定书后，有权对鉴定的程序和实质进行审核，对符合规定的予以确认，对不符合规定的应当要求医疗事故技术鉴定委员会重新进行鉴定。其立法原意不外乎是要加强对医疗事故鉴定的管理，保证医疗事故鉴定程序的合法和医疗事故鉴定结论的公正，强化卫生行政部门在医疗事故鉴定中的权威和地位。但是《办法》所规定的行政确认程序存在一些较严重的问题，现论述于下：
一、行政确认程序使医疗事故技术鉴定委员会在与卫生行政部门的关系中更显弱势
明确卫生行政部门与医疗事故技术鉴定委员会的关系是对行政确认程序进行评价的基础。由于《办法》没有设置与国务院卫生行政部门相对应的国家级医疗事故技术鉴定委员会，因此我们所论述的只是县级以上地方人民政府卫生行政部门与同级医疗事故技术鉴定委员会的关系。
《办法》第三条第二款规定：“县级以上地方人民政府卫生行政部门负责本行政区域内的医疗事故处理工作。”
第二十一条第一款规定：“医疗事故技术鉴定委员会是负责医疗事故技术鉴定的专门组织。”
第二十二条第二款规定：“医疗事故技术鉴定委员会委员人选，由卫生行政部门进行资格审查并提名，同级人民政府批准。”
第二十四条第一款规定：“医疗事故技术鉴定委员会依照医疗管理法律、法规、规章和护理规范、常规，独立进行医疗事故技术鉴定。”
第三十五条规定：卫生行政部门负责医疗事故处理工作的机构履行委托医疗事故技术鉴定的的职责。