《物权法》第28条规定，因人民法院、仲裁委员会的法律文书或者人民政府的征收决定等，导致物权设立、变更、转让或者消灭的，自法律文书或者人民政府的征收决定等生效时发生效力。由于国土部门作为行政管理部门没有对民事合同的合法性审查权，其依程序做出行政行为的效力有可能相关法律文书做出的确认产生效力上的冲突。行政诉讼《宋立奇不服郑州市房地产管理局房屋他项权登记一案》就是这类情况,案情如下：
原告宋立奇与陈正、陈红勋于2005年5月24日签订房屋买卖合同一份，约定陈正、陈红勋的一套房屋售给宋立奇。后因房地产市场行情见长，陈正、陈红勋涨价，因协商未果，宋立奇向中原区人民法院提起诉讼，要求确认房屋买卖合同有效，并要求陈正陈红勋办理过户手续。法院确认该房屋买卖合同有效，判令陈正、陈红勋与宋立奇办理过户手续。二审维持原判，该判决已发生法律效力。而陈正、陈红勋于2008年1月9日与赵宝辉签订了借贷合同，并将已属于宋立奇的房屋抵押给赵宝辉，双方在郑州市房地产管理局办理了房地产抵押合同，郑州市房地产管理局颁发了房屋他项权证。为此，宋立奇再次向法院提起行政诉讼，请求判令陈正、陈红勋强签订的房屋抵押合同无效。法院经审理认定，诉争房屋的所有权人是宋立奇，陈正、陈红勋强于2008年1月18日签订的郑州市房地产抵押合同无效。二审维持原判。
本案中，虽然郑州市房地产管理局在办理陈正、陈红勋和赵宝辉申请登记时对第三人交验的证件和资料进行了审核，当时涉案房产登记显示的房屋所有权人为陈正。但由于本案抵押登记的房屋已被生效的法律文书认定属宋立奇所有，第三人办理抵押登记所签订的抵押合同亦已被生效的法律文书确认无效，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第58条第2款“无效的民事行为，从行为开始起就没有法律约束力”的规定，郑州市房地产管理局据此做出的他项权证的事实依据已不存在，属主要证据不足，法院依法予以撤销。郑州市房地产管理局称登记时涉案的房屋所有权仍属陈正、陈红勋所有的理由不符合《中华人民共和国物权法》第28条的规定。
可见，如果国土部门在未知晓相关物权因法律事实导致发生转移的情形下，依原使用权人申请办理了抵押登记后，从法理上必然导致行政行为的无效。目前机制下，法院与国土部门有协执程序，但从法院作出查封判决后通知国土部门需要时间，国土部门内部转件仍有一定时滞。如果该权利人怠于申请土地使用权变更，原权利人利用时间差申请办理抵押登记，国土部门就面临着效力冲突的法律风险。国土部门以协执未收到抗辩，但仍不能对抗《中华人民共和国物权法》第28条的规定，不能作为其行政行为合法的有效抗辩。因此，在国土部门在大力提倡便民服务、提高行政效率的同时，还需要科学优化行政程序，提高与司法程序的衔接程度，防范程序简化可能带来的法律风险。
而且在现代社会中，无论不动产登记制度多么独立、完善，仍不能完全避免登记权利内容与实际权利状态不一致的情况发生。澳大利亚对错误登记实行的国家赔偿制度值得借鉴。登记机关用其所收取的登记费用的一部分建立专门的保险基金，若因错误登记而导致交易失败，则由登记机关以该保险基金进行赔偿。登记错误的责任承担实行的是无过错或推定过错责任原则，只有登记机关确能证明是申请人的过错造成登记错误时方能免除责任。这种做法具有借鉴意义，它在维护行政机关权威的同时也保护了申请人的利益。