医疗事故鉴定结论是民事诉讼法规定的法定证据种类之一鉴定结论的一种，因而法律规范中有关鉴定结论的规定适用于医疗事故鉴定结论。
我国最高人民法院证据规则肯定了鉴定结论的证据优先地位，由于医疗事故鉴定的准司法性，在医疗事故纠纷案处理实践中，医疗事故鉴定结论的证明力得到强化，于是造成了法官对医疗事故鉴定结论的高度依赖。若医疗事故鉴定结论判定医方负有责任，法院就判医院败诉，甚至鉴定结论认定的过失参与度也成为了判决赔偿额的主要依据。但法的判断与医学判断终归是两个不同领域的判断，法官必须对鉴定人鉴定的正确性做出评价，而不是不加评判地全盘接受。
由于鉴定结论本质上是言辞证据，而言辞证据必然具有一定的主观性。因而，无论是大陆法系还是英美法系都要求对鉴定结论进行法庭质证。医疗鉴定结论本身技术的复杂性使得鉴定人的推论、说明或解释的主观性表现更强。实践中，经常会出现基于相同的鉴定客体或基础资料，由不同的鉴定人鉴定得出不同的“结论”的情况。既然医疗事故鉴定结论的主观性无法避免，民事诉讼程序就应设计相应的制度和程序保障当事人与鉴定人能够交换不同意见，从而使法官通过辨析对事实乃至法律问题做出正确裁判。
但我国医疗事故纠纷案司法实践中的做法是：许多地方只出具书面鉴定结论，在法庭上进行宣读，而鉴定人不出庭接受质询。由于双方当事人在专业知识享有上的不对等，患者往往无法发现医疗事故鉴定结论中的技术难点及疑点。当事人对鉴定结论有意见的，法官不是通过对鉴定结论进行询问、交叉询问从而形成自由心证，而是要求当事人申请重新鉴定，以此来达到解决鉴定结论之争的目的。这样，对鉴定结论的质证异议的解释义务就变相地移交到了重新鉴定的鉴定人，重新鉴定的鉴定人成为实质上解决鉴定结论的质证异议的裁判人。而且法律规定本身也支持这样的无休止的鉴定，最高人民法院《关于适用若干问题的意见》第59条规定：“对鉴定结论有疑问的，人民法院可以指派或者聘请有专门知识的人或者鉴定机构，对案件中的某些专业性问题进行补充鉴定或者重新鉴定。”虽然证据规则第27条对此进行了限定，但实践中，由于法官自身专门知识的缺乏，使得他们对当事人鉴定异议的处理方式，只能是以重新鉴定来回避矛盾，同时根据鉴定机关的等级、鉴定的先后顺序、以及单纯数量上的对比来判断多份鉴定结论的证明力。但是，从成本、效率的角度来看，不断的重复鉴定远不如对鉴定结论进行质询高效，证明力也弱化不少。