党的十六大明确提出要建立国有资产管理体系，形成三级出资人制度。尽管在这一背景下，国有独资公司的改革目标是成为股份制公司，但这一过程会需要较长的时间。在这一过渡时期，国有独资公司需要建立和完善以董事会制度为核心的现代公司治理结构。同时，在一些重要行业，一些企业仍要较长时期地保留国有独资形态，以解决国家对经济的控制力问题。此外，作为国有企业重组后，在国有出资人和国有企业之间担负桥梁作用的国有资产经营公司和企业集团公司也将在一个较长的时期内保持国有独资形态。对上述暂时或长期保持国有独资形态的公司，有必要建立以董事会为核心的现代公司治理结构。
国有独资公司治理结构可考虑分为四个层次，即出资人机构：三级国资委;董事与董事会及所属的委员会;监事及监事会;以总经理为首的高管层。
国有独资公司治理结构的目标和机制是在上述四个层面形成既协调又相互制衡、权责利一致的高效领导体制。一般是指：董事会科学的决策机制;监事会对董事会和高管层、董事会对高管层有效的监督机制;董事会对高管层合理的激励机制。
完善的国有独资公司治理结构应遵循以下三条原则：出资人与董事会之间需要建立完善的信任托管关系;董事会与高管层之间需要建立完善的委托代理关系;董事会、监事会和高管层要建立相互制衡关系。
国有独资公司治理结构设计的指导思想是：选择适合我国国情和国有独资公司实际需要的治理模式，使国有独资公司能尽快从旧的国企管理模式中解脱出来。