新版《药品目录》是基本医疗保险、工伤保险和生育保险基金支付参保人员药品费用和强化医疗保险医疗服务管理的政策依据及标准。《药品目录》分西药、中成药和中药饮片３部分。其中，西药部分和中成药部分用准入法，规定基金准予支付费用的药品，基本医疗保险支付时区分甲、乙类，工伤保险和生育保险支付时不分甲、乙类；中药饮片部分用排除法，规定基金不予支付费用的药品。
按照规定，统筹地区对于甲类药品，各地需按照基本医疗保险的规定全额给付，不得再另行设定个人自付比例。对于乙类药品各地可根据基金承受能力，先设定一定的个人自付比例，再按基本医疗保险的规定给付。
新版《药品目录》中，西药和中成药品种共２１５１个。西药部分共有药品１１６４个，其中甲类３４９个，乙类７９１个，另有２０个仅限工伤保险用药，４个仅限生育保险用药；中成药部分共有药品９８７个，其中甲类１５４个、乙类８３３个。
据人力资源社会保障部医疗保险司司长姚宏介绍，与２００４年版《药品目录》相比，新版《药品目录》主要有以下几个方面的变化：
一是把《国家基本药物目录》的药品，全部纳入《药品目录》甲类部分。按照规定，甲类目录的药品参保人员不设个人自付比例且各地不得进行调整，保证了国家基本药物的报销比例高于非基本药物。