一是畅通行政复议申请渠道，切实维护公民、法人或其他组织的合法权益，进一步明确了申请行政复议的方式、期限，以及环保部门受理行政复议案件的条件、审查方式和期限等。
二是改进和完善行政复议审理方式，提高办案质量。将以前探索并被《行政复议法实施条例》确认的审理方式补充进《办法》，如现场调查机制、和解协调机制、复议建议制度等，增加了复议中止、终止的法定情形和驳回行政复议申请这一新的结案方式等。
三是进一步细化了环境法制机构在行政复议方面的职责。明确规定了环境法制机构有通知申请人补正行政复议申请、通知第三人参加行政复议、中止与恢复复议案件审理、提出对有关责任人员的处分建议等职责。
四是对部分内容进行了调整，并对标题作相应修改。删去了有关环保部门内部办案职责划分的内容以及办理应诉工作的规定，同时将标题相应修改为《环境行政复议办法》。环境保护部将对上述删除的内容进行重新整合，制作规范性文件，在环境保护部机关内部执行。