就侵犯商业秘密而言，重大损失是指实际损失，而实际损失既包括直接损失也包括间接损失，因为间接损失也是受害人必然失去的现实利益。因此，在确定犯罪行为给权利人造成的损失时，必须充分考虑以下因素：
（1）取得商业秘密的成本，如开发、研制商业秘密的成本，商业秘密的合理使用费数额等；
（2）使用或保持商业秘密所产生的经济利益或竞争优势，如生产成本的降低、利润的增加等；
（3）侵权人使用商业秘密之前的获利状况与使用之后的获利大小；
（4）合理预期的将来利益，要确认这种损失就需要充分考虑商业秘密新颖性的程度、商业秘密的生命周期及其所处阶段、市场竞争状况和市场前景等因素。
在司法实践中，计算方式大致有以下几种：
（1）以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失作为定罪量刑的依据。
（2）以侵权人因侵权行为获得的利益作为损失。
（3）以不低于商业秘密使用许可的合理使用费作为损失。