按服务单元结算是指将医疗服务的过程按照一个特定的参数划分相同的部分为一个服务单位，如一个门诊人次、一个住院床日等。医疗保险机构根据过去的历史资料以及其他困素制定出平均服务单元费用标准，然后根据医疗机构的服务单元量进行支付，其总费用公式为：总费用=平均服务单元费用×服务单元量。在这种结算方式下，医院可以通过两条途径获取较多的支付：一是降低其本身的服务单元费用使之低于平均标准，这可通过加强管理、提高技术水平来实现，也可以通过推诿重病患者，多收轻病患者以及减少服务来实现；二是增加服务次数，这可以通过改善服务吸引病人来实现，也可以通过分解服务次数来实现。该结算方式既可能促进医院改善服务，提高医疗水平，也可能刺激医院推诿重病患者，分解服务次数，提供过量的医疗服务，造成病人就医的不便和医疗服务质量的降低。
针对这种结算方式可能产生的弊端，各地在采取某种服务单元付费方式时，要切实根据管理水平和医疗机构诊疗管理基础水平，合理选择付费单元和结算费用标准，相应制定服务规范和质量保证措施，为费用结算审核提供合理依据。