商铺买卖或者二手商铺交易需要交纳契税、印花税、营业税、个人所得税、土地增值税、等税费。若不如实申报缴纳有关税收将会受到处罚。
计税价格的确认
近年来，二手商铺交易中买卖双方通过签订“阴阳合同”低报、虚报房屋交易计税价格，不如实申报缴纳有关税收的现象较为普遍，这种行为严重扰乱了正常的税收秩序，使得守法者比违法者承担了更重的税负，形成不公平。在给当事人带来非正当利益的同时，也会给当事人在合同履行中带来法律风险，极易引发纠纷。
二手商铺交易中买方所要缴纳的税：
1、契税：买卖交易价格×3%
2、印花税：买卖交易价格×0.05%
二手商铺交易中卖方应缴纳的税：
1、营业税附加：买卖交易价格减去上次成交价格之后的差额乘以5.6%。上次成交价格要以发票为准，所以商铺房东一定要留好上手交易的发票。此外，上次交易价格信息也会在房产交易中心查到。
2、个人所得税：
首先要计算出个人所得税应纳税所得额，它是由本次买卖价格减去上次成交价格后，扣除卖方支付的装修费(规定标准内)、按揭贷款利息、再扣除本次交易产生的收续费、公证费，营业税及附加、土地增值税和上次交易的契税等。
个人所得税应纳所得税额=应纳税所得额×20%
3、土地增值税
土地增值税的计算方法有两种，分别是清算和核定。目前主要采用清算的方法。
(1)、清算：依照以下两种情况，顺序确定土地增值税的扣除项目金额：
a、采用重置成本评估方式的，纳税人须提供房地产评估机构出具的重置成本评估报告，且须经主管地方税务机关确认，方可按评估的重置成本确认扣除项目金额;
b、转让二手商铺，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经主管地方税务机关确认，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算扣除项目。对上手购买商铺时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除;但不作为加计5%的基数。
按照以上两种方法计算出增值后，实行四级超率累进税率，根据增值的多寡，执行30%到60%不等的税率。
(2)、核定：对既不能提供重置成本评估报告，又不能提供购房发票的，主管税务机关应依法核定征收土地增值税。计算方式为计税依据乘以核定征收率，具体核定征收率依据我市的《个人转让非住宅土地增值税分类核定征收率明细表》。
4、印花税：=买卖交易价格×0.05%
商铺持有环节应缴税：共有房产税和土地使用税两种：
1、房产税
自用商铺房产税=房产原值×0.7×1.2%
出租商铺分两种：
a、月租金5000元以下 房产税=租金×12.1%
b、5000以上 房产税=租金×18.7%
2、土地使用税=分摊土地使用面积×单位税额
对持有商铺期间没有缴纳房产税和土地使用税的，在交易过程中要补缴，并收取滞纳金。