公安机关作出取保候审决定后，将案卷及犯罪嫌疑人移送检察院审查起诉，而后又向人民法院提起公诉的，在检察院审查起诉和法院审判阶段有必要继续取保候审的，应当由其重新审核作出取保候审决定。相应取保候审的期限重新计算。公、检、法每个阶段的取保候审没有必然的联系，即公安机关侦查时作出的取保候审决定到检察院审查起诉阶段不自然延续，检察院可以根据案件情况变更强制措施，如：直接决定逮捕、将犯罪嫌疑人羁押。在法院审判阶段也同样。
取保候审期限届满后，原决定机关必须发出解除取保候审通知书，所以你所述“自动解除”是不能成立的。在你所述的案件中，公安机关和人民检察院都作出了《取保候审决定》，所以最长期限一年届满前，原决定机关都应作出决定《解除取保候审》。如没有违反取保候审规定情形的，当然应该退回保证金。