抵押，是指债务人或者第三人不转移财产的占有，将该财产作为债权的担保，在债务人不履行债务时，债权人有权依法以该财产折价或者以拍卖、变卖该财产的价款优先受偿的法律行为。《担保法》第34条第1项规定，抵押人所有的房屋和其他地上定着物，可以抵押。可见，农民以其宅基地上的房屋抵押应当是有效的。但《担保法》第37条第2项规定，耕地、宅基地等集体所有的土地使用权，不得抵押。
虽然以宅基地上的房屋抵押是有效的，但是抵押权的效力不能及于该房屋占用范围内的宅基地使用权，一旦债务人不能清偿债务，债权人只能以抵押房屋的建筑材料作为动产优先受偿。将房屋拆除后以建筑材料还债，这无疑大大降低了房屋的价值，也是一种浪费。而且，最高法院曾专门作出规定：“对被执行人及其所抚养家属生活所必需的居住房屋，人民法院可以查封，但不得拍卖、变卖或者抵债。”据此，用农村房屋设定抵押，债权人实现抵押权也存在障碍。另外，国土资源部“严禁城镇居民在农村购置宅基地，严禁为城镇居民在农村购买的住宅发放土地使用证”的规定，限制了农民对房屋的买卖。因此，金融机构等债权人一般不愿意接受借款人用农村房屋设定抵押。