公司的自然人股东将自己的持有公司的股份转让给其他自然人或者是企业，依法需要就其转让所得缴纳个人所得税。根据2008年3月1日起新实施的修订的《中华人民共和国》(以下简称《个人所得税法》)第二条第九款规定征收个人所得税范围包括财产转让;新实施的《中华人民共和国个人所得税法》(以下简称《实施条例》)第八条第九款规定财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、建筑物、土地使用权、机器设备、车船以及其他财产取得的所得，第九条规定，对股票转让所得征收个人所得税的办法，由国务院财政部门另行制定，报国务院批准施行。而根据财政部、国家税务总局分别于1994年6月、1996年12月和1998年3月下发的《关于股票转让所得暂不征收个人所得税的通知》、《关于股票转让所得1996年暂不征收个人所得税的通知》和《关于个人转让股票所得继续暂免征收个人所得税的通知》，规定从1994年起，对股票转让所得暂免征收个人所得税。