有限责任公司分公司的设立分为有限责任公司设立时设立分公司和有限责任公司成立后设立分公司两种情形。
1、分公司设立登记申请的提出
有限责任公司设立时设立分公司的，应当由公司设立登记申请人作为分公司设立登记的申请人，同时就所设分公司向公司登记机关申请分公司的设立登记。
有限责任公司成立后设立分公司的，必须由申请人在法定期限内向公司登记机关提出。《公司登记管理条例》第42条第1款规定：“公司设立分公司的，应当自决定作出之日起三十日内向公司登记机关申请登记；法律、行政法规规定必须报经有关部门审批的，应当自批准之日起三十日内向公司登记机关申请登记”。
2、申请设立分公司登记应提交的文件
有限责任公司成立后设立分公司的，应当向分公司所在地的市、县工商行政管理局提交的文件包括：本公司法定代表人签署的设立分公司的登记申请书；公司章程以及由本公司的公司登记机关加盖印章的《企业法人营业执照》的复印件；分公司营业场所使用证明以及公司登记机关要求提交的其他文件。
如果在设立有限责任公司同时设立分公司的，在申请分公司设立登记时，由于其本公司尚未正式获准成立，故其提交的文件只能是：登记申请书；公司章程；营业场所使用证明；公司登记机关要求提交的其他文件。在本公司获核准登记并正式成立后，应当及时向分公司登记机关提交由本公司的公司登记机关加盖印章的《企业法人营业执照》的复印件。
3、分公司设立的核准登记
依《公司登记管理条件》的规定，分公司一经核准登记，由公司登记机关发给《营业执照》。《营业执照》不同于《企业法人营业执照》，分公司只能领取营业执照是由分公司不具备法人资格所决定的。分公司设立登记的效力在于使之获得在其所在地以本公司名义从事活动的能力。