国家的局限性
截止到目前，马德里联盟共有79个成员国。也就是说国际商标注册只能在这79个缔约国内受到保护，而在缔约国之外的国家，则无法通过该方式去那些国家申请商标注册。例如，香港、澳门、印度、印度尼西亚、泰国等就不是马德里联盟成员国。
需要前置条件
通过"马德里"商标国际注册进行商标国际注册来说，基础注册或基础申请是前提条件，也就是说，要通过马德里进行国际注册的商标，必须已经在其原属国获得注册或已经提出申请。
如果目标国是协定国，则无法享受到《保护工业产权巴黎公约》规定的优先权
马德里协定要求以基础注册为前提，而要完成基础注册，一般都需要一年以上的时间，更不用说在六个月完成了。如果等基础注册完成，就早已超出六个月的优先权期限了。
“中心打击原则”
根据《马德里协定》的规定，自国际注册的日期开始5年内，如果该商标在原属国已全部或部分不受法律保护，则国际注册所受到的保护也全部或部分不再产生权利，而不管该商标的国际注册是否已经被转让，这项规定被称为"中心打击"。