合同效力认定
发包人未取得建设工程规划许可证等行政审批手续的工程，与承包人签订的建设工程施工合同无效。但在一审法庭辩论终结前发包人取得相应审批手续或者经主管部门批准建设的，应当认定合同有效。
发包人未取得建筑工程施工许可证的，不影响施工合同的效力。
存在挂靠、转包、违法分包等情形的，相关合同可能被认定为无效。
工程价款确定和支付
当事人在诉讼前已就工程价款的结算达成协议，一方在诉讼中要求重新结算的，不予支持，但结算协议被法院或仲裁机构认定为无效或撤销的除外。
固定总价合同履行中，当事人以工程发生设计变更为由要求对工程价款予以调整的，主张工程价款调整的当事人应当对合同约定施工的具体范围、实际工程量增减的原因、数量等事实承担举证责任。
固定价合同履行过程中，主要建筑材料价格发生重大变化，当事人要求对工程价款予以调整的，可根据市场风险范围和幅度之外酌情予以支持。
工程质量问题
因建设工程项目结构类型多、生产周期长、工艺繁琐、参建主体多样，导致出现工程质量问题的原因也是多样的，主要包括施工原因、勘察、设计原因、材料、设备、构配件不合格、发包方直接指定分包人分包专业工程等原因。
实务中，涉及到工程质量的焦点问题主要有发包人未经验收擅自使用建设工程的质量责任如何确定、合同无效时因质量问题产生的损失能否参照合同约定计算、缺陷责任期与质量保修期的区别与适用、无效合同下的质量保修责任等。