犯本罪的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑；致人重伤、死亡或者使航空器遭受严重破坏的，处死刑。
对于劫持航空器的犯罪分子，本条设置了2个量刑档次，即分别情节一般和情节特别严重不同情况予以分别处罚:其一，情节一般的，处10年以上有期徒刑或者无期徒刑；其二，致人重伤、死亡或者使航空器遭受严重破坏或者情节特别严重的，处死刑。
从本条规定可以看出，对劫持航空器罪的处罚总体上体现了重罚精神，具体说主要体现在两个方面:一是将最低刑期规定为10年，也就是说只要实施了劫持航空器的行为，无论是否造成后果，最低都将被判处10年有期徒刑(除了具有刑法总则规定的减轻、免除处罚情节的)，这在我国的刑罚体例中是少见的。二是劫持航空器造成严重后果的，只规定了死刑一个刑种，没有丝毫的选择余地。我们认为，对于劫持航空器的行为予以重罚，符合罪刑相适应的基本原则，作为惩戒这种犯罪的手段和实现对犯罪后果的某种补偿是十分必要的。