关于单位犯罪的处罚，在刑法理论上存在单罚制与双罚制之分。单罚制，又称为代罚制或者转嫁制，指在单位犯罪中只处罚单位中的个人或者只处罚单位本身。总之，在单位与个人之间只处罚其中之一。双罚制，又称为两罚制，指在单位犯罪中，既处罚单位又处罚单位中的个人。即对单位犯罪实行两罚制，既处罚单位又处罚单位中的直接负责的主管人员和直接责任人员，能够反映对单位犯罪的全面的刑法的否定评价，有利于遏制单位犯罪。当然，在某些情况下，犯罪虽然是以单位形式实施的，但实际上社会危害性主要反映在个人的行为上，因而没有必要对单位进行处罚，只须处罚单位中的直接负责的主管人员和直接责任人员。在这种情况下，实行只处罚个人的单罚制也是必要的。
根据以上情况，刑法第31条对单位的处罚作出以下规定：“单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。”由此可见，我国刑法对单位犯罪实行以两罚制为主，以单罚制为辅的处罚原则。
(一)单位犯罪的两罚制
刑法对单位犯罪在绝大部分情况下采取两罚制。在两罚制中，对单位是判处罚金，判处罚金采取无限额罚金制，即对罚金的数额未作规定。
在两罚制中，对直接负责的主管人员和直接责任人员是判处刑罚，这里的刑罚包括自由刑与罚金，主要是自由刑。对个人判处自由刑的，又有以下两种情况：(1)在绝大多数情况下，判处与个人犯罪相同刑罚。例如刑法第220条规定：“单位犯本节第二百一十三条至第二百一十九条规定之罪(侵犯知识产权罪——引者注) 的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本节各该条的规定处罚。”这里所谓依照本节各该条的规定处罚，就是指依照对个人犯罪的规定处罚。(2)在少数情况下，判处低于个人犯罪的刑罚。例如个人犯受贿罪的，最重可以判处死刑，但根据刑法第387条规定：“国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，索取、非法收受他人财物，为他人谋取利益，情节严重的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。”由此可见，在单位犯受贿罪的情况下，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处的刑罚远轻于个人犯受贿罪的情况。
(二)单位犯罪的单罚制
刑法在某些情况下规定了单位犯罪的单罚制，即只处罚自然人而不处罚单位。例如刑法第396条规定：“国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，违反国家规定，以单位名义将国有资产集体私分给个人，数额较大的，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金; 数额巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。”这里刑法规定的犯罪主体是国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，但只处罚直接负责的主管人员和其他直接责任人员，而不处罚单位。
(三)单位犯罪的处罚适用
我国刑法关于单位犯罪的规定，在多数情况下，直接负责的主管人员和其他直接责任人员都要追究刑事责任。在少数情况下，只追究直接责任人员的刑事责任。那么，如何认定单位中的直接负责的主管人员和其他直接责任人员呢?对此，2001年1月21日《全国法院审理金融犯罪案件工作座谈会纪要》明确规定：“直接负责的主管人员，是在单位实施的犯罪中起决定、批准、受意、纵容、指挥等作用的人员，一般是单位的主管负责人，包括法定代表人。其他直接责任人员，是在单位犯罪中具体实施犯罪并起较大作用的人员，既可以是单位的经营管理人员，也可以是单位的职工，包括聘任、雇佣的人员。应当注意的是，在单位犯罪中，对于受单位领导指派或奉命而参与实施了一定犯罪行为的人员，一般不宜作为直接责任人员追究刑事责任。”这一规定，对于司法机关在审理单位犯罪案件中正确地认定直接负责的主管人员和其他直接责任人员具有重要指导意义。
在对单位犯罪的处罚中，还存在一个直接负责的主管人员和其他直接责任人员是否区分主犯、从犯的问题。在一个单位犯罪案件中，如果同时存在直接负责的主管人员和其他直接责任人员的，在一般情况下前者比后者的作用大，前者可以认定为主犯，后者可以认定为从犯。但直接负责的主管人员和其他直接责任人员不是当然的主犯与从犯关系。有时不同职责的人对单位犯罪负有不同的责任，如果一定要区分主犯与从犯，则显得十分勉强。对这种情况，2000年9月28日最高人民法院《关于审理单位犯罪案件对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员是否区分主犯、从犯问题的批复》规定：“在审理单位故意犯罪案件时，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可不区分主犯、从犯，按照其在单位犯罪中所起的作用判处刑罚。”根据这一规定，对于主从关系不明显的，可以不予区分。当然，如果主从关系明显的，仍应区分。
单位犯罪的处罚依据，是由我国刑法和其他法律规定的，处罚原则需要遵循双罚制，既追究直接责任人员的刑事责任，又对单位判处罚金。
单位犯罪的客观要件包括单位犯罪客体和单位犯罪客观方面两部分。由于单位犯罪在刑法中只是一类具体罪名的代名词，其犯罪客体要结合具体罪名进行分析研究更为适合。所以，在这里只对其犯罪客观方面进行分析。
单位犯罪的客观方面是指单位实施了具有社会危害性并且由法律明确规定为单位犯罪的行为。进而可知，单位犯罪客观方面有如下两层含义：
①单位犯罪必须是单位实施了具有社会危害性的行为，这是单位犯罪客观方面的社会属性。社会危害性行为可以是单位独自实施的也可以是与其他单位或者自然人共同实施的。
②单位犯罪必须是单位实施了法律明确规定单位应当负刑事责任的行为，这是单位犯罪客观方面的法律属性。
③单位犯罪必须是单位实施了刑法规定单位可以作为犯罪主体的具体罪名的行为。这是刑法罪刑法定原则的基本要求。我国刑法对单位可以作为犯罪主体的具体罪名是有特定范围的，单位只有实施了这个范围内具体罪名的行为，才能构成单位犯罪。实施了这个范围之外罪名的行为，不按犯罪论处。
我国刑法第30条规定，单位犯罪主体是指公司、企业、事业单位、机关、团体。
①公司。公司是一种特殊组织形式的企业，也是现代企业制度的一种运作组织方式。根据我国公司法律规定，公司包括有限责任公司和股份有限公司。
②企业。根据我国企业法律规定，企业是指依照法律规定并按照法定批准设立或者注册登记程序，成立的以营利为目的从事生产经营活动的经济组织。这里的企业是指公司以外的企业。
③事业单位。事业单位是指依照国家法律法规批准设立的行使各种社会职能的组织。我国的事业单位种类很多，按照职能可以分为：教学科研文化事业单位等等;按照所有制可以分为：国家事业单位、集体事业单位、私营事业单位和在我国依法设立的外资事业单位。
④机关。在我国刑法意义上的机关是指国家机关，它是享有并行使国家决策、领导、管理职能，保障国家正常秩序的各级组织机构。我国的各级国家机关包括：国家执政党机关、国家立法机关、国家行政机关、国家监察机关、国家审判机关、国家检察机关、国家军事机关、国家政治协商机关等。
⑤团体。我国的团体，是指依照法定程序成立并登记备案的各种具有社会职能性、公益性、公众性、行业性或者学术性的组织。