一方要求变更子女抚养关系的，双方对此不能达成协议时，应另行起诉。这是因为：这一在新情况下提出的诉讼请求，不涉及原离婚案件的离婚问题和夫妻财产的处理问题，而是出现了处理原离婚案件之时不存在(或已解决)的子女抚养方面的新情况。因此，它不是原离婚案件诉讼程序的继续，也不是对原离婚案件子女抚养问题的判决、调解协议错误的纠正，所以，应当作为新的案件另行起诉。
写好诉状，到对方住所地法院起诉。程序参考
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百二十一条 起诉状应当记明下列事项：
(一)原告的姓名、性别、年龄、民族、职业、工作单位、住所、联系方式，法人或者其他组织的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务、联系方式;
(二)被告的姓名、性别、工作单位、住所等信息，法人或者其他组织的名称、住所等信息;
(三)诉讼请求和所根据的事实与理由;
(四)证据和证据来源，证人姓名和住所。
诉讼费按《诉讼费用缴纳办法》中的其他非财产案件交纳，每件交纳50元至100元。
《诉讼费用缴纳办法》
第十三条 案件受理费分别按照下列标准交纳：
(一)财产案件根据诉讼请求的金额或者价额，按照下列比例分段累计交纳：
1.不超过1万元的，每件交纳50元;
2.超过1万元至10万元的部分，按照2.5%交纳;
3.超过10万元至20万元的部分，按照2%交纳;
4.超过20万元至50万元的部分，按照1.5%交纳;
5.超过50万元至100万元的部分，按照1%交纳;
6.超过100万元至200万元的部分，按照0.9%交纳;
7.超过200万元至500万元的部分，按照0.8%交纳;
8.超过500万元至1000万元的部分，按照0.7%交纳;
9.超过1000万元至2000万元的部分，按照0.6%交纳;
10.超过2000万元的部分，按照0.5%交纳。
(二)非财产案件按照下列标准交纳：
1.离婚案件每件交纳50元至300元。涉及财产分割，财产总额不超过20万元的，不另行交纳;超过20万元的部分，按照0.5%交纳。
2.侵害姓名权、名称权、肖像权、名誉权、荣誉权以及其他人格权的案件，每件交纳100元至500元。涉及损害赔偿，赔偿金额不超过5万元的，不另行交纳;超过5万元至10万元的部分，按照1%交纳;超过10万元的部分，按照0.5%交纳。
3.其他非财产案件每件交纳50元至100元。