1、罪与非罪的界限
(1)强奸罪与通奸行为
在男女发生性行为前，既不违背妇女意志，又无勉强女方变范的行为，双方从内心到外部表现形式完全自愿，属典型的通奸行为。即使事后，因被揭穿，女方为保住自己的脸面而告男方强奸，或因女方事后反悔而告男方强奸，均不能定强奸罪。
(2)对“半推半就”的奸淫行为的认定
所谓半推半就，是指行为人与妇女发生性行为时，该妇女既有“就”的一面即同意的表现，又有“推”的一面即不同意的表现。应当全面审查男女双方的关系怎样，性行为发生的时间、地点、环境条件如何，行奸后妇女的态度如何，该妇女的道德品行、生活作风情况等等。如果查明“就”是主要的，则属假推真就，不能视为违背妇女意志而以该罪治罪科刑。反之“推”是主要的，应认定为违背妇女意志，应当以强奸罪论处。
2、既遂与未遂的界限
3、丈夫强奸妻子是否构成“强奸罪”
通说观点认为，由于有合法的夫妻关系的存在，一方有权利要求另一方履行性行为的义务(同居义务)，即使丈夫的行为对妻子的性自由权利有侵害也不构成犯罪。目前在我国无论是立法还是执法，一般都不把丈夫强迫妻子性交视为强奸犯罪。
4、“强奸”男性是否构成强奸罪
刑法对于强奸罪的对象仅仅限定在女性，并未将强行与男性发生性关系进行法律规范。根据法无规定不为罪的原则，“强奸”男性行为并不构成犯罪，当然也不构成强奸罪。假如行为人把男的误认为妇女而着手实行强奸，并且完成“强奸行为”，并不构成强奸罪。调查近几年的案例，法院判决大多是“故意伤害罪”。如果由于对象是男性而强奸不能的情况下，以强奸未遂定罪。视当时情况如果是故意轻伤，不存在犯罪未遂问题。重伤意图非常明显，且已经着手实行重伤行为，由于意志以外的原因未得逞的，应按故意重伤(未遂)论处。
(一)立案的事实条件，即有犯罪事实或犯罪嫌疑人有犯罪事实，是指有被客观、真实的证据所证明的危害社会的犯罪行为的存在，包括犯罪的预备、实施、未遂、中止和既遂，但是，这不意味着证实犯罪的证据需要确实充分，但也不应是办案人员凭估计、猜测得出的结论。这里所指“有犯罪事实”，主要是指犯罪事件已经发生，即有犯罪的客体和客观要件;而对犯罪主体和犯罪主观方面的查明则不是立案的必要条件，而是立案后需要进一步查清的问题。因此，此时的证据并不要求达到充分的程度，也不要求一定要查获犯罪人，更不要求查明全部案件的事实和情节。
(二)立案的法律条件，即需要追究刑事责任立案追究的行为，必须是具有社会危害性和刑罚应罚性的行为，只有当这种犯罪事实确需追究行为人的刑事责任时，才予以立案。强奸罪立案，首先要有犯罪事实，其次需要追究刑事责任。所需要的证据主要是为了证明有强奸行为的存在，违背了被害人的意志，行为人存在主观故意。
强奸罪至少是三年以上的有期徒刑，未成年人犯罪的可以从轻或者减轻处罚，可以判处三年以下有期徒刑。
《刑法》第二百三十六条【强奸罪】以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。
奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。
强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：
(一)强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的;
(二)强奸妇女、奸淫幼女多人的;
(三)在公共场所当众强奸妇女的;
(四)二人以上轮奸的;
(五)致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。