1、卖方起诉的纠纷
卖方起诉的纠纷多表现为：卖方没有房屋权属证明，以较低的价格将其农房出卖给非本集体经济组织成员，如城镇居民，但随着房价的飞速上涨，利益的驱动使卖方不甘于当时的价格而试图收回房屋再次获利。因此，卖方常以买卖合同违反《合同法》第52条之规定为由，即违反法律、行政法规之强制性规定的合同为无效合同，请求法院确认房屋买卖合同无效。
2、买方起诉的纠纷
买方起诉的纠纷具体来说为：由于农村房屋不具有产权证，或仅有乡镇产权，因此，在买卖合同签订后，买方是无法办理房屋产权过户登记或在合同约定的期限内取得房屋产权的。加之，目前一些政策性文件禁止向城镇居民出售农村房屋，于是买方便起诉至法院，要求确认买卖合同无效，由卖方返还购房款，或请求卖方支付相应的违约金等。
3、其他与农房买卖有关的纠纷
此类纠纷并不直接表现为买卖合同纠纷。例如，农房联建一般是农民出地，他人出资来共同修建房屋，修好的房屋由双方协商进行适当分配。
因建房发生纠纷的，双方之间协商不成的，可以申请当地乡级人民政府处理，涉及土地纠纷的，也可以申请县级以上人民政府处理。
其实农村土地纠纷问题，原则上属于一般的民事纠纷，可以找以下部门依法处理：
一、村委会或镇、乡政府，或者县政府土地管理部门调解处理;
二、可以找土地管理部门进行确权申请;
三、可以向法院提起诉讼;
四、其他部门。
(1)土地管理部门违法审批引起的宅基地纠纷案件
因土地管理部门审批宅基地，侵犯了相邻关系人合法权益而引起的诉讼，人民法院应以行政案件立案审理。法院主要审查土地管理部门在作出审批宅基地手续这一具体行政行为过程中，是否有超越职权、滥用职权、违反法定程序的行为。因而，土地管理部门从实体处理到审批程序各个环节中，只要有违法的情形存在，人民法院就应撤销宅基地使用执照或责令土地管理部门重新作出审批。
对于土地管理部门审批的宅基地属他人承包地、自留地，侵犯第三人土地承包经营权引起的纠纷，人民法院受案后，主要审查申请人是否符合《土地管理法》第六十二条规定的条件，所审批的宅基地是否在法律规定范围内，有无按《土地管理法》第四十四条规定办理农用地转用审批手续、有无考虑土地承包权三十年不变的规定等具体情况，作出撤销或者维持审批文件的判决。
未经土地管理部门审批或者采取欺骗手段骗取建房手续用地建房，侵犯了集体或相邻关系人利益引发的纠纷。
对于能够确认村民建房未经审批或采取欺骗手段骗取建房手续的非法用地建房，并且侵犯了相邻关系人合法权益，如影响邻人房屋通风、采光、通行等情况的，人民法院既可以作出排除妨碍、限期拆除违法建筑物的民事判决，也可以中止诉讼，建议土地管理部门作出限期拆除违法建筑物、退出土地的处罚决定。人民法院在审理非法建筑物买卖、确权等涉及宅基地使用权纠纷案件时，应注意只能裁决建筑材料的所有权，不宜明确非法建筑物的所有权归属。
(2)争占宅基地以外的集体空闲地引发的纠纷案件
村民争占除宅基地以外的集体空闲地的目的是为了多占地皮、扩大墙院、堆放杂物等。对这类纠纷，人民法院应当告知到当地人民政府申请解决，不服政府处理决定的则可向法院起诉的，法院应以行政案件受理。土地为村集体经济组织所有的也可以直接向人民法院起诉，可要求占地者退出土地、排除妨碍，法院则应以民事案件受理，对当事人因争占空闲土地引起的财产损害赔偿案件，人民法院应根据具体案情处理。
(3)建房户私下调换宅基地引发的纠纷案件
村民根据各自利益的需要，私下调换宅基地引发纠纷的，人民法院在审理此类案件时不仅要指出双方行为的违法性，同时可以建议土地管理部门依法吊销建房手续，收回宅基地。如果一方或双方已盖好房屋，为避免造成不必要的损失，可以在征得土地管理部门同意后，责令双方变更宅基地登记。
(4)用地建房影响相邻关系人利益引发的纠纷案件
不适当使用宅基地而影响相邻关系的，如在同一规划线上，后盖的房屋宅基地基垫比先盖的房屋宅基地高一些，造成雨水和生活用水向邻人宅基地流淌，或后盖的房屋和设施影响相邻人房屋通风、采光、滴水、危及他人房屋安全，或在不适当地点建造厕所影响环境卫生、或擅自堵塞通道、截断自然水流等情况引发的纠纷，人民法院应本着依法、合理的精神妥善予以处理，确实给邻人造成损害的，应责令排除妨碍、消除危险、恢复原状或赔偿损失。
(5)未经共同使用人同意，部分共用人擅自使用共用的宅基地而引发的纠纷案件
对一宗宅基地可由两个以上村民共同使用，具有共同使用权，共有土地使用面积可以在共有人之间分摊。对于共同使用的宅基地在未经共有人同意，部分共有人擅自使用引发纠纷的，人民法院在受理案件后查明一方在建房时，对方明知而未提出异议的，可在不妨碍他人和公共利益的情况下判令占有人继续使用。农村宅基地使用权人与他人合资建房后发生的房屋产权纠纷，因涉及宅基地使用权，处理时应先征求土地管理部门的意见，如主管部门批准双方共同使用宅基地的，可以判决明确各自的房屋产权;如主管部门不批准双方共同使用该宅基地的，可以明确对房屋各自的份额后，判决房屋产权给有宅基地使用权的人。