物流纠纷的案由一般确定为运输合同纠纷。运输合同是承运人将旅客或货物运到约定地点，旅客、托运人或收货人支付票款或运费的合同。其特征有：运输合同是有偿的、双务的合同;运输合同的客体是指承运人将一定的货物或旅客到约定的地点的运输行为;运输合同大多是格式条款合同。
1)协商。协商是争议双方在自愿互谅的基础上，按照国家法律政策和合同规定，直接进行磋商，达成协议，以解决合同纠纷的方法，这是一种有效解决纠纷的方法。它有利于迅速平息争议，有利于问题的迅速解决。
(2)调解。调解是由第三者主持，合同纠纷的双方当事人参加，通过调解，达成某种协议，解决合同纠纷的方法。调解的程序是：由争议一方向相关部门提出调解申请书及相应的证明材料;相关部门进行审核，符合法律规定即可受理;调解主持人通过与双方交谈，弄清事实，核实证据，分清是非，判明责任，提出调解方案。经过调解，争议双方同意调解人提出的调解方案，由主持调解部门制作调解协议书。
(3)仲裁。仲裁是解决民事纠纷的一种较为理想的方式，具有专家裁处、自由、方便、灵活、快捷等特点，而且费用相对低廉。仲裁规则对纠纷双方都具有约束力，而且只要仲裁符合规则，该项仲裁就是终局性的。目前，我国对仲裁进行规范的法律是1995年的《仲裁法》。
纠纷双方在两种情况下，可以采取仲裁方式解决物流运输纠纷：第一，在订立的合同中已经选择了仲裁作为解决纠纷的方式;第二，在纠纷发生后一致同意采用仲裁方式来解决纠纷。
(4)诉讼。在物流运输纠纷发生以后，如果合同双方无法达成一致的解决方案，或双方未对纠纷的解决方法进行约定，则应该通过诉讼的方式来解决。由一方或双方向有管辖权的法院提起诉讼，然后由法院作出判决。一方或双方如果对一审判决不服，还可以进行上诉、申诉的等。
物流现在国家没有一个明确的部门管辖。因为物流涉及的领域比较多，运输、工商、税务等等。如果有问题投诉除非是高价值的货物可以选择诉讼，一般只要是物流方面问题基本都可以解决，如果是普通问题直接打电话投诉，正常物流企业都是有400客户电话，只要坚持投诉，一定能得到满意的结果。