非法集资案件到了法院，法院会组织清退，清退阶段会把剩余的全部钱款返还给集资人，余下的被集资组织者花费完的不予补偿，由集资人自行承担。
根据《非法金融机构和非法金融业务活动取缔办法》第十八条规定：因参与非法吸收公众存款、非法集资活动而受到的损失，由参与者自行承担，所形成的债务和风险，不得转嫁给未参与非法吸收公众存款、非法集资活动的国有银行和其它金融机构以及其它任何单位。
债权债务清退后，有剩余非法财物的，予以没收，就地上缴中央金库。在取缔非法吸收公众存款、非法集资活动的过程中，地方政府只负责组织协调工作，而不能采取财政拨款的方式弥补非法集资造成的损失。
这意味着一旦社会公众参与非法集资，参与者的利益不受法律保护，经人民法院执行、集资者仍不能清退集资款的，应由参与人自行承担损失，而不能要求有关部门代偿。
以非法占有为目的，使用诈骗方法非法集资，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金;数额巨大或者有其他严重情节的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金;数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。综上所诉，是否会对非法集资公司员工判刑，主要是看是否参与了非法集资非法活动，如果参与的情况下，会被判刑。
两者的区别主要表现在犯罪的主观故意不同，非法集资罪是行为人采用虚构事实、隐瞒真相的方法意图永久非法占有社会不特定公众的资金，具有非法占有的主观故意;而非法吸收公众存款罪行为人只是临时占用投资人的资金，行为人承诺而且也意图还本付息。
1、从筹集资金的目的和用途看，如果向社会公众筹集资金的目的是为了用于生产经营，则定非法吸收公众存款罪的可能性更大一些;如果向社会公众筹集资金的目的是为了用于个人挥霍，或者用于单位或个人拆东墙补西墙，则非法集资罪的可能性更大一些。
2、从单位的经济能力和经营状况来看，如果单位有正常业务，经济能力较强，在向社会公众筹集资金时具有偿还能力，则定非法吸收公众存款罪的可能性更大一些;如果单位本身就是皮包公司，或者已经资不抵债，则定非法集资罪的可能性更大一些。
3、从造成的后果来看，如果非法筹集的资金在案发前全部或者大部分没有归还，造成投资人重大经济损失，则定非法集资罪的可能性更大一些，如果非法筹集的资金在案发前全部或者大部分已经归还，则定集资诈骗罪的余地就非常小，一般应定非法吸收公众存款罪。