1、不合法，侵犯了劳动者劳动报酬权。
2、《劳动法》第50条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣3天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就涉嫌克扣工资了。
旷工不得扣发工资，用人单位扣发工资是违法的。旷工是违反单位规章制度的行为，可以给予处分(如警告、通报等)，情节严重和多次旷工的，用人单位可以依法解除劳动合同。
《劳动法》第50条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
1、劳动法对旷工处罚没有具体标准，只规定了，如果因为旷工给用人单位造成经济损失的，用人单位可以要求赔偿的。
2、《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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