当事人的住房被侵占，可以按以下程序向法院提起民事诉讼，要求停止侵占、赔偿损失。
(一)、当事人起诉，首先应提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本。当事人是公民的，应写明双方当事人的姓名、性别、年龄、籍贯、住址;当事人是单位的，应写明单位名称、地址、法定代表人或负责人姓名。起诉书正文应写明请求事项和起诉事实、理由，尾部须署名或盖公章。
(二)、根据"谁主张谁举证"原则，原告向法院起诉应提交下列材料：
1、原告主体资格的材料。如居民身份证、户口本、护照、港澳同胞回乡证、结婚证等证据的原件和复印件;企业单位作为原告的应提交营业执照、商业登记证明等材料的复印件。
2、证明原告诉讼主张住房被侵占的证据。如合同、协议、债权文书(借条、欠条等)、收发货凭证、往来信函等。
(三)、当事人向法院提交书证，应填写一式两份证据清单，详细列明提交证据的名称、页数。证据经法院承办人核对后，由承办人在证据清单上 签字盖章，一份交当事人，一份备案。
(四)、立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续;对不符合立案条件的，依法裁定不予受理。
(五)、当事人应在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用，如确有困难，可在预交期内向本院提出减、缓、免交的书面申请，逾期不交或者书面申请缓、减、免交未获批准而仍不预交的，本院将裁定按自动撤诉处理。
(六)、立案手续后，案件由法院排期开庭，当事人应服从法院的各项工作安排，并于结案后到财务室结算诉讼费用，多退少补。
对他人房屋进行侵占的，被侵占人主张赔偿的，诉讼时效是3年，如果主张停止侵占行为，返还房屋的，不受诉讼时效限制。
《中华人民共和国民法典》
第一百八十八条 【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
第一百九十六条 【不适用诉讼时效的情形】下列请求权不适用诉讼时效的规定：
(一)请求停止侵害、排除妨碍、消除危险;
(二)不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产;
(四)依法不适用诉讼时效的其他请求权。
侵占房屋侵权赔偿标准要根据因为房屋被侵占而导致的直接损失和间接损害来计算。
当事人的房屋所有权遭受侵害时，会产生直接财产损失和间接财产损失。
1.首先是直接财产损失
侵占房屋导致的直接财产损失包括房屋的自身价值和附有价值。房屋的自身价值是房屋的自有价值，主要表现为房屋的市场售价;房屋的附有价值是指附属在房屋的添附物和资金，主要表现为房屋的装修价值、购买房屋缴纳的税款和缴存的公共维修基金等。
2.其次是间接财产损失
侵占房屋导致的间接财产损失包括当事人在取得该房屋前所产生的的购买和登记成本以及因房屋所有权受到侵害而产生的支出增加和收益减少。购买和登记成本主要表现为交通费用、误工费用、登记费用、委托代理费用等。因房屋所有权受到侵害而产生的支出增加和收益减少包括：所有权受侵害的房屋是被侵害人居住房屋的，其权利受损后购买房屋前的租房成本;房屋出租收益的损失;不动产用于经营用途因被侵权而产生的停产停业损失等。