根据《机动车登记规定》和《道路交通安全法》，如果汽车改色后没有向公安机关交通管理部门申请备案，被查到的处罚是罚款200元，不扣分。公安机关交通管理部门可以处以警告或者罚款，并可以扣押车辆，要求车主将车辆改回原来的颜色。
法律依据
《机动车登记规定》第五十六条
有下列情形之一的，由公安机关交通管理部门处警告或者二百元以下罚款：
(一)重型、中型载货汽车及其挂车的车身或者车厢后部未按照规定喷涂放大的牌号或者放大的牌号不清晰的;
(二)机动车喷涂、粘贴标识或者车身广告，影响安全驾驶的;
(三)载货汽车、挂车未按照规定安装侧面及后下部防护装置、粘贴车身反光标识的;
(四)机动车未按照规定期限进行安全技术检验的;
(五)改变车身颜色、更换发动机、车身或者车架，未按照本规定第十条规定的时限办理变更登记的;
(六)机动车所有权转移后，现机动车所有人未按照本规定第十八条规定的时限办理转移登记的。
车辆改色可以在异地备案。公安部新修订的《机动车登记规定》第五十六条规定，小型、微型载客汽车因改变车身颜色申请变更登记，车辆不在登记地的，可以向车辆所在地车辆管理所提出申请。车辆所在地车辆管理所应当按规定查验机动车，审查提交的证明、凭证，并将机动车查验电子资料转递至登记地车辆管理所，登记地车辆管理所按规定复核并核发行驶证。
法律依据
《机动车登记规定》 第十条
已注册登记的机动车有下列情形之一的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请变更登记：
(一)改变车身颜色的;
(二)更换发动机的;
(三)更换车身或者车架的;
(四)因质量问题更换整车的;
(五)营运机动车改为非营运机动车或者非营运机动车改为营运机动车等使用性质改变的;
(六)机动车所有人的住所迁出或者迁入车辆管理所管辖区域的。
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