非法营运的管理部门包括交通部门和工商部门。
非法营运是指没有依法取得营运权而实施了营运行为。即未按规定领取有关主管部门核发的营运证件和超越核定范围进行经营。如果没有金钱交易行为或不能查证有金钱交易行为不能算非法营运。
法律依据
《中华人民共和国道路运输条例》第六十四条
违反本条例的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款成犯罪的，依法追究刑事责任。
非法营运的认定标准主要包括以下两点：
1、未经许可或超越许可范围进行道路运输经营：这是指未取得道路运输经营许可，或者使用失效、伪造、变造、被注销等无效的道路运输许可证件，或超越许可事项，从事有关道路运输经营的行为。这些行为都构成了非法营运。
2、车辆属于非营运车辆：即未按规定领取有关主管部门核发的营运证件和超越核定范围进行经营。如果车辆没有取得相应的营运证件，或者其经营行为超出了核定的范围，那么这种行为也可以被认定为非法营运。
法律依据
《道路旅客运输及客运站管理规定》第五条
国家实行道路客运企业等级评定制度和质量信誉考核制度，鼓励道路客运经营者实行规模化、集约化、公司化经营，禁止挂靠经营。
《道路旅客运输及客运站管理规定》第四十条
禁止使用报废的、擅自改装的、拼装的、检测不合格的客车以及其他不符合国家规定的车辆从事道路客运经营。
《道路旅客运输及客运站管理规定》第四十四条
客运经营者应当按照道路运输管理机构决定的许可事项从事客运经营活动，不得转让、出租道路运输经营许可证件。
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