非营利性医疗机构并非完全免交所得税。如果非营利性医疗机构从事非医疗服务并取得收入，这部分收入应当按照规定征收各种税收，包括企业所得税。
如果非营利性医疗机构的收入直接用于改善医疗卫生条件，并且符合相关税收优惠政策的规定，那么这部分收入可能享受免税或减税的待遇。
非营利性医疗机构取得的收入符合《中华人民共和国企业所得税法》第七条中规定的不征税收入，如财政拨款、依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金等，那么这部分收入是不需要缴纳企业所得税的。
法律依据
《中华人民共和国企业所得税法》
第七条 收入总额中的下列收入为不征税收入：(一)财政拨款;(二)依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金;(三)国务院规定的其他不征税收入。
第二十七条 企业的下列所得，可以免征、减征企业所得税：(一)从事农、林、牧、渔业项目的所得;(二)从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得;(三)从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得;(四)符合条件的技术转让所得;(五)本法第三条第三款规定的所得。
一、经营目标不同：
非营利性医疗机构：其运行目标是为特定社会目标服务，不以赚钱为目的。它们主要关注提供医疗服务、改善医疗条件、满足公众健康需求等。
营利性医疗机构：其运行目标是追求利润最大化。它们会根据市场需求自主确定医疗服务项目，并争取最大的经济回报。
二、收入分配方式不同：
非营利性医疗机构：虽然它们也可以产生盈利，但这种盈利只能用于机构自身的发展，如购买设备、引进技术、开展新的服务项目等，而不能用于投资者的分红。
营利性医疗机构：盈利后，投资者可以对税后利润进行分红。
三、财产处置方式不同：
非营利性医疗机构：如果机构终止服务，其剩余财产不能由投资者自行处置，而是需要由社会管理部门或其他非营利性医疗机构来处置。
营利性医疗机构：如果经营不善而终止服务，投资者可以自行处置其剩余财产。
四、收支结余用途不同：
非营利性医疗机构：其收支结余不能用于投资者回报或为其职工变相分配，只能用于机构的再发展。
营利性医疗机构：其收支结余主要用于投资者回报。
五、是否享受财产补贴：
政府办的县及县以上非营利性医疗机构，通常会得到同级财政的定向补助。
营利性医疗机构则没有任何财政补助。
六、价格标准不同：
非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，按照主管部门制定的基准价及其浮动范围来确定实际价格。
营利性医疗机构提供的医疗服务则实行市场调节价，它们可以根据实际服务成本或市场供求情况自主制定价格。
七、税收政策不同：
非营利性医疗机构在税收上享有一定的优惠，如医疗收入免征各种税收(需符合国家规定)，自用房产、土地、车船也免征相关税收。
营利性医疗机构则需要按照规定缴纳各种税收，但在某些情况下(如用于改善医疗卫生条件的收入)，可能享受一定的税收优惠政策。
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