立案调查是行政机关或司法机关依职权对涉嫌违法行为进行初步审查后，认为有违法事实可能且需进一步查证，从而正式启动调查程序的行为。根据《中华人民共和国行政处罚法》第五十四条：行政机关发现公民、法人或者其他组织有依法应当给予行政处罚的行为的，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据;必要时，依照法律、法规的规定，可以进行检查。立案只是程序起点，不代表违法成立。
违法与否的最终认定，必须以充分证据为基础，并经过法定程序作出。在刑事领域，《中华人民共和国刑事诉讼法》第十二条规定：未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。这意味着即使已被刑事立案，只要未被法院生效判决认定，行为人仍应视为无罪。行政违法同样要求证据确凿、程序合法，不能仅凭立案推定责任。
立案的条件通常低于定案标准。如《市场监督管理行政处罚程序规定》第十八条规定，立案需有“初步证据证明存在违法行为”。这种“初步证据”远未达到“事实清楚、证据确凿”的处罚或定罪要求。因此，立案仅反映存在调查必要性，而非对行为性质的终局判断。
实践中，部分公众误将立案等同于违法确认，这既不符合法律规定，也可能损害当事人合法权益。执法机关在立案后仍需依法保障当事人的陈述、申辩、申请回避等程序权利。只有在调查终结并经集体讨论或负责人批准后，才能决定是否作出处理。整个过程强调程序正义与实体公正并重。
不同领域的立案调查期限由专门法律或规章设定，不存在统一时限。在行政处罚领域，《中华人民共和国行政处罚法》第六十条规定：行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。法律、法规、规章另有规定的，从其规定。该条款确立了九十日的一般上限，但允许特别法作出不同安排。
在纪检监察领域，根据《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则》第五十五条：立案审查调查应当在三个月内完成，特殊情况经批准可延长一次，延长时间不得超过三个月。这意味着此类调查原则上六个月内结案，体现对公职人员权利与效率的平衡。
刑事侦查阶段虽无绝对结案期限，但受强制措施期限约束。如《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百五十六条规定：对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。这间接限制了侦查时间，防止久拖不决。
调查期限可因法定事由中止或延长。如涉及重大疑难问题、需异地协查、等待鉴定意见等，办案机关可依法办理延期手续。但延期必须履行审批程序，不得随意突破时限。当事人有权了解案件进展，在超期未结时可依法提出申诉或控告，督促程序依法推进。