立案审查是程序启动前的筛选机制。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十二条，人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案。此阶段不具强制性，不得采取限制人身自由或财产权利的措施。
立案调查则是立案决定作出后的实质侦查或调查行为。如《中华人民共和国监察法》第三十九条规定，经过初步核实，对监察对象涉嫌职务违法犯罪，需要追究法律责任的，监察机关应当按照规定的权限和程序办理立案手续，并依法开展调查。此时可依法采取讯问、留置、查封、扣押等强制措施。
两者的法律性质截然不同。立案审查属于程序性判断，核心问题是“要不要管”;立案调查属于实体性执行，核心问题是“怎么查”。前者重在形式审查与初步判断，后者重在事实挖掘与证据固定。
权利保障也存在显著差异。在立案审查阶段，被控告人不具有犯罪嫌疑人或违法嫌疑人身份，其权利不受限制。而在立案调查阶段，被调查人可能面临人身或财产强制措施，依法享有委托律师、申请回避、要求排除非法证据等程序性权利。
从时间顺序看，立案审查必须先于立案调查。没有经过合法审查并作出立案决定，任何调查行为均属违法。如未立案即实施传唤、搜查、冻结账户等，所获证据可能因程序违法被排除。
立案调查本身不等于已确认违法。根据《中华人民共和国行政处罚法》第五十四条，行政机关发现公民、法人或者其他组织有依法应当给予行政处罚的行为的，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据。调查是查明事实的过程，而非结论。
在刑事领域，《中华人民共和国刑事诉讼法》第十二条规定，未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。立案调查仅表明存在涉嫌犯罪的初步线索，尚需通过侦查、审查起诉、审判等环节才能最终定罪。
监察机关开展调查，同样不代表被调查人已被认定违法。《中华人民共和国监察法》第四十五条规定，监察机关根据监督、调查结果，依法作出处理。这说明调查结果可能是无违法事实、轻微违法不予处分，或构成犯罪移送司法。
实践中，大量立案调查案件最终因证据不足、不构成违法或超过追责时效而终止。因此，立案调查仅是程序启动标志，绝非实体责任认定。公众不应将“被调查”等同于“已违法”。
法律严禁以立案调查施压或变相惩罚。如调查机关在无充分依据情况下长期挂案不结，可能构成程序滥用。当事人有权依法申请解除强制措施或要求说明理由。
刑事立案后的侦查羁押期限受《中华人民共和国刑事诉讼法》严格约束。一般刑事案件，逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的，经上一级人民检察院批准可延长一个月。
符合特定情形的，还可再延长。如交通十分不便的边远地区重大复杂案件、重大的犯罪集团案件、流窜作案的重大复杂案件等，经省级人民检察院批准，可再延长二个月。对可能判处十年以上有期徒刑的，还可再延长二个月。总计最长可达七个月。
行政案件的调查期限由《中华人民共和国行政处罚法》规定。第六十条明确，行政机关应当自立案之日起九十日内作出行政处罚决定。法律、法规、规章另有规定的，从其规定。特殊情况可经负责人批准延长三十日。
监察调查期限依据《中华人民共和国监察法》第四十三条。留置时间不得超过三个月。在特殊情况下，可以延长一次，延长时间不得超过三个月。省级以下监察机关采取留置措施的，延长须报上一级监察机关批准。
对于未采取留置措施的监察调查，法律未设绝对上限，但要求“及时办结”。实践中，一般参照六个月至一年内完成。如久拖不决，当事人可依据《监察法实施条例》申请督促或申诉。