建设工程施工合同纠纷按不动产纠纷确定管辖，由工程所在地法院专属管辖。根据《民事案件案由规定》2025年12月修订版，以下七类纠纷适用专属管辖：建设工程施工合同纠纷、建设工程价款优先受偿权纠纷、建设工程分包合同纠纷、建设工程监理合同纠纷、装饰装修合同纠纷、铁路修建合同纠纷、农村建房施工合同纠纷。
建设工程勘察合同纠纷和建设工程设计合同纠纷不适用专属管辖，按一般合同纠纷确定管辖，当事人可以协议选择管辖法院。这个区分很重要，搞错了案由可能跑错法院。
最高人民法院明确，建设工程违法转包引起的纠纷属于建设工程施工合同纠纷，应当按照不动产纠纷确定管辖。建设工程未开工，当事人起诉请求确认合同效力、解除合同或履行合同的，无论合同是否实际履行，仍按建设工程施工合同纠纷确定管辖。
1. 基层人民法院管辖
当事人住所地均在或均不在受理法院所处省级行政辖区的，诉讼标的额5亿元以下的第一审民事案件;
当事人一方住所地不在受理法院所处省级行政辖区的，诉讼标的额1亿元以下的第一审民事案件。
2. 中级人民法院管辖
当事人住所地均在或均不在受理法院所处省级行政辖区的，诉讼标的额5亿元以上、50亿元以下的第一审民事案件;
当事人一方住所地不在受理法院所处省级行政辖区的，诉讼标的额1亿元以上、50亿元以下的第一审民事案件;
新类型、疑难复杂或具有普遍法律适用指导意义的案件，经上级法院决定或报请，可由中级人民法院管辖。
3. 高级人民法院管辖
诉讼标的额50亿元以上(包含本数)的第一审民事案件;
在本辖区有重大影响的第一审民事案件。
1. 专属管辖优先原则
根据《民事诉讼法》第三十四条及《最高人民法院关于适用〈民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款，建设工程施工合同纠纷(包括工程价款支付、工程质量争议、工期延误索赔等与施工行为直接相关的纠纷)属于不动产纠纷，适用专属管辖，由工程所在地法院管辖。
协议管辖若违反专属管辖规定，约定无效。例如，当事人约定由非工程所在地法院管辖，即使协议形式完备，该约定也因违反强制性规定而无效。
2. 协议管辖的有效条件
形式要求：必须以书面形式约定，包括合同中的管辖条款或诉讼前书面达成的管辖协议。
地点要求：约定的管辖法院需与争议有实际联系，如工程所在地、被告住所地、合同签订地等。
明确性要求：约定需明确唯一，避免模糊表述(如由守约方所在地法院管辖)，否则视为无效。
3. 例外情形
非专属管辖纠纷：建设工程勘察合同、设计合同、监理合同纠纷等，因不涉及不动产施工具体实施，不适用专属管辖，当事人可协议选择管辖法院，但需符合一般管辖规则。
仲裁条款：若合同中约定有效仲裁条款，可排除法院管辖，不受专属管辖规则约束，但仲裁条款需明确、唯一且符合《仲裁法》规定。
建设工程纠纷在特殊情形下的管辖认定规则，主要依据《中华人民共和国民事诉讼法》及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》等相关规定，结合司法实践，具体如下：
1. 合同未实际履行
即使建设工程施工合同未实际履行，纠纷仍适用不动产专属管辖，由建设工程所在地法院管辖。如因未开工或未履行主要义务引发的履约保证金返还、合同解除等纠纷，均按工程所在地法院管辖，不适用一般合同纠纷的被告住所地管辖规则。
2. 名实不符合同
合同名称为承揽、买卖等，但核心内容包含工程施工、安装、质量控制等建设工程施工合同要素，仍认定为建设工程施工合同纠纷，适用不动产专属管辖。如名为设备采购安装合同但包含施工方案、质量标准等内容的合同，纠纷由工程所在地法院管辖。
3. 工程款债权转让
工程款债权转让后，债权受让人主张债权的，基础法律关系仍为建设工程施工合同纠纷，适用专属管辖，由工程所在地法院管辖。即使债权转让协议中约定管辖，违反专属管辖规定，约定无效。
4. 债权人代位权诉讼
债权人以发包人、总包人为被告提起代位权诉讼，次债务基于建设工程施工合同产生，适用专属管辖，由工程所在地法院管辖。
5. 多合同合并诉讼
当事人将建设工程施工合同与相关联的其他合同(如设备采购安装合同、软件制作合同)一并起诉，且多份合同针对同一工程项目、同时履行且存在关联关系，按建设工程施工合同确定管辖，由工程所在地法院一并审理。
6. 建设工程担保合同纠纷
建设工程施工合同的从合同(如担保合同)发生纠纷，一般根据主合同确定管辖。若主合同适用专属管辖，担保合同纠纷也由工程所在地法院管辖;仅起诉担保人要求其承担连带责任，可由担保人住所地法院管辖。
7. 建设工程破产情形
发包人在承包人起诉前已向法院申请破产，承包人只能向受理破产申请的法院起诉，不再适用不动产专属管辖;承包人起诉时发包人尚未破产，诉讼中发包人破产，管辖法院不变，诉讼中止，由管理人接管财产后继续审理。