公诉案件与自诉案件最核心的区别在于诉讼启动主体不同。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百六十九条规定，凡需要提起公诉的案件，一律由人民检察院审查决定。这意味着公诉权专属于国家检察机关，个人无权就公诉案件自行向法院起诉。而自诉案件则依据该法第二百一十条，由被害人或其法定代理人、近亲属直接向人民法院提起诉讼，无需经过检察机关审查。
两类案件所涉犯罪的性质与社会危害程度亦有显著分野。公诉案件通常针对的是严重危害社会秩序、公共安全或国家利益的犯罪行为，如故意杀人、抢劫、贩毒等，其追诉具有强制性和普遍性。自诉案件则多为侵害公民个人权益且社会危害性相对较小的犯罪，如告诉才处理的侮辱、诽谤、侵占等，国家将是否追诉的决定权赋予被害人本人。
举证责任的分配在两种程序中截然不同。在公诉案件中，证明被告人有罪的责任完全由人民检察院承担。检察机关必须收集确实、充分的证据，并在法庭上出示以支持其指控。而在自诉案件中，自诉人负有提供证据证明被告人犯罪事实的责任，如果证据不足，法院将依法驳回其起诉。
程序规则方面也存在重要差异。公诉案件一旦由检察院提起，即进入正式审判程序，原则上不允许调解，法院必须依法作出有罪或无罪判决。自诉案件则允许双方当事人在法院主持下进行调解，自诉人在判决宣告前也可以同被告人自行和解或者撤回自诉，程序更具灵活性。
当事人的诉讼地位和称谓亦不相同。在公诉案件中，代表国家出庭的是公诉人，被追诉者称为被告人。在自诉案件中，提起诉讼的一方称为自诉人，其地位类似于民事诉讼中的原告，被诉一方同样称为被告人。这种称谓差异反映了两种诉讼模式背后不同的法理基础和价值取向。
我国刑事诉讼法并未采用正面列举的方式规定公诉案件的具体种类，而是通过界定自诉案件的范围来反向确定公诉案件的范畴。《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百一十条明确规定了三类自诉案件：告诉才处理的案件;被害人有证据证明的轻微刑事案件;以及被害人有证据证明被告人侵犯其人身、财产权利应当追究刑事责任，而公安机关或人民检察院不予追究的案件。
基于此立法技术，除上述三类自诉案件之外的所有刑事案件，均属于公诉案件。这包括刑法分则中绝大多数罪名，如危害国家安全罪、危害公共安全罪、破坏社会主义市场经济秩序罪、侵犯公民人身权利民主权利罪中的大部分、侵犯财产罪中的抢劫、盗窃等、妨害社会管理秩序罪、贪污贿赂罪等。
具体而言，告诉才处理的案件仅限于刑法明文规定的五种犯罪：侮辱罪、诽谤罪(严重危害社会秩序和国家利益的除外)、暴力干涉婚姻自由罪(致人死亡的除外)、虐待罪(致人重伤、死亡的除外)以及侵占罪。这些案件如果被害人不主动告诉，司法机关不得主动介入追究。
被害人有证据证明的轻微刑事案件，通常指可能判处较轻刑罚且事实清楚、证据充分的案件，如故意伤害(轻伤)、非法侵入住宅、重婚、遗弃等。即便如此，如果公安机关或检察院认为有必要作为公诉案件处理，仍可依职权启动公诉程序。
第三类自诉案件是一种特殊的救济途径，旨在防止公安机关或检察机关不当不作为。当被害人有充分证据证明被告人的行为构成犯罪，但司法机关却决定不予追究时，被害人可直接向法院提起自诉。实践中此类案件的受理标准极为严格。
在严格的法律术语中，公诉案件不存在传统意义上的“原告”。《中华人民共和国刑事诉讼法》通篇未使用“原告”一词来指代任何诉讼参与人。在公诉案件中，代表国家向人民法院提起诉讼的是人民检察院，其出庭人员称为公诉人，整个机构被称为公诉机关。
公诉人并非案件的利害关系方，而是国家法律监督机关的代表，其职责是依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任，维护国家法律的统一正确实施。这与民事诉讼中原告为自身利益而起诉的性质完全不同。因此，将公诉人或人民检察院称为“原告”是概念上的混淆。
在公诉案件中，因犯罪行为而遭受损害的个人或单位被称为“被害人”。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百零八条第二项，被害人是重要的诉讼参与人。被害人享有委托诉讼代理人、申请回避、参与法庭调查和辩论、对一审判决提出抗诉请求等多项诉讼权利。
尽管被害人在公诉案件中扮演着关键角色，但其并不承担控诉职能。指控犯罪、提供证据、论证罪名成立的责任完全由公诉机关承担。被害人可以就案件事实向司法机关陈述，但不能左右公诉机关是否起诉或如何起诉的决定。
如果被害人因被告人的犯罪行为遭受物质损失，可以在刑事诉讼过程中提起附带民事诉讼。在此附带民事诉讼部分，被害人则成为民事原告，被告人成为民事被告。但这属于民事赔偿范畴，与刑事追诉本身是两个相互关联但又彼此独立的程序。