侵犯软件著作权的民事责任主要旨在填补权利人的损失并恢复其合法权益。侵权人首先需要承担停止侵害的责任，即立即停止复制、发行、通过信息网络传播侵权软件等行为。同时，为了消除因侵权行为给权利人带来的不良市场影响，侵权人还需承担消除影响、赔礼道歉的责任。
在经济损失赔偿方面，法律规定了明确的计算逻辑。赔偿数额首先按照权利人因被侵权所受到的实际损失来确定。如果实际损失难以计算，可以按照侵权人因侵权所获得的违法所得进行赔偿。这两种方式都无法确定时，法院会根据侵权行为的情节，判决给予相应的法定赔偿。
除了直接的损失赔偿，侵权人还需要赔偿权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。这包括了权利人对侵权行为进行调查、取证所产生的费用。在司法实践中，符合国家有关部门规定的律师费用，也可以依法计算在赔偿范围内，以全面保障权利人的维权成本。
根据《著作权法》的相关规定，侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，侵权人应当按照权利人因此受到的实际损失或者侵权人的违法所得给予赔偿;权利人的实际损失或者侵权人的违法所得难以计算的，可以参照该权利使用费给予赔偿。
对故意侵犯著作权或者与著作权有关的权利，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下给予赔偿。权利人的实际损失、侵权人的违法所得、权利使用费难以计算的，由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予五百元以上五百万元以下的赔偿。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
软件著作权与商业秘密虽然都是保护软件智力成果的重要法律武器，但两者的保护客体和认定原则存在本质区别。软件著作权保护的是软件代码、文档等具体的表达形式，而商业秘密保护的是具有商业价值且不为公众所知悉的技术信息或经营信息，如软件的核心算法、设计思路等。
在侵权认定原则上，软件著作权通常采用实质性相似加接触的原则。只要被诉软件与权利软件在名称、版本号、代码结构等方面构成实质性相似，且侵权人有机会接触到原软件，就可以推定侵权成立。相比之下，商业秘密的认定要复杂得多，权利人必须证明该信息具备非公知性，且侵权人是通过盗窃、贿赂等不正当手段获取、披露或使用的。
根据《反不正当竞争法》的相关规定，经营者不得实施下列侵犯商业秘密的行为：以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子侵入或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密;披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密;违反保密义务或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密。
举证责任的难度也是两者的一大区别。软件著作权侵权案件中，权利人只要证明自己是著作权人，且被诉软件与权利软件实质性相似，基本就完成了举证责任。而商业秘密案件的权利人不仅要证明信息的非公知性，通常还需要委托专业机构出具鉴定意见，并证明自己对该信息采取了合理的保密措施，举证门槛和败诉风险都相对更高。
以营利为目的侵犯软件著作权，当违法所得或经营数额达到法定标准时，将不再局限于民事纠纷，而是构成侵犯著作权罪，需要承担刑事责任。法律对此设定了明确的立案门槛，旨在严厉打击严重的软件盗版和侵权行为。
根据相关司法解释，侵犯软件著作权罪的立案标准主要分为违法所得数额和非法经营数额两个维度。只要违法所得数额达到三万元以上，或者非法经营数额达到五万元以上，公安机关就应当予以立案追诉。此外，复制发行侵权软件数量合计达到五百张(份)以上的，也属于有其他严重情节，同样符合立案标准。
一旦构成犯罪，侵权人将面临严厉的刑罚。违法所得数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。如果违法所得数额巨大(十五万元以上)或者有其他特别严重情节(非法经营数额二十五万元以上)，刑期将提升至三年以上七年以下，并处罚金。
根据《刑法》的相关规定，以营利为目的，有下列侵犯著作权或者与著作权有关的权利的情形之一，违法所得数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金;违法所得数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金：未经著作权人许可，复制发行、通过信息网络向公众传播其文字作品、音乐、美术、视听作品、计算机软件及法律、行政法规规定的其他作品的。