无罪辩护的最终司法确定权归属于人民法院，检察院不具备最终判定行为人无罪的审判职权，两个司法机关在无罪认定流程中拥有不同法定职责且分工明确。
检察院处于案件审查起诉阶段，主要负责核查案件证据完整性，研判犯罪事实是否成立，甄别侦查阶段取证程序是否合法，排查案件是否存在违法取证以及证据瑕疵等问题。对于没有犯罪事实或者证据不足的案件，检察院可以作出不起诉决定，该决定仅能终止本次刑事诉讼流程，不属于法律意义上具有终局效力的无罪判决。
检察院无权对行为人作出具有司法终局效力的无罪认定，仅能行使审查以及追诉相关职权，把控案件是否进入庭审环节，起到过滤劣质案件的作用。
人民法院作为唯一拥有刑事审判权的司法机关，经过开庭审理质证辩论等法定流程后，严格遵循证据裁判原则以及疑罪从无原则，结合全案证据材料综合判定被告人是否构成犯罪，最终出具具有法律效力的书面判决书。
法院审理后确认犯罪事实不成立，或者证据无法达到定罪标准的，应当依法作出无罪判决，该判决是官方认可具备终局效力的无罪认定结果，能够彻底消除当事人的犯罪记录影响，留存完整合法的无罪司法结论。
辩护律师在诉讼过程中提出的无罪辩护意见，最终需要交由法院审核采纳，法官拥有独立审判裁量权。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百条规定，在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决，案件事实清楚，证据确实充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决，依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足指控的犯罪不能成立的无罪判决。
检察院在办案过程中承担法律监督职责，审查案件时严格审核侦查机关移送的全部卷宗材料，发现符合无罪情形的案件，可通过不起诉方式终止案件流转，避免案件进入审判程序，减少当事人的司法负担与时间损耗。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条规定，犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。不起诉决定不等同于法院无罪判决，不会产生法定无罪认定的完整司法效力，该结果仅代表本次诉讼终止，相关办案记录留存方式与法院无罪判决存在明显区别。
行为人想要取得官方无瑕疵、可永久公示采信的无罪定论，必须经过人民法院正规审判程序。
综上所述，无罪辩护最终确定权归人民法院所有，检察院仅可作出不起诉决定。两者法律性质存在明显区别，不起诉不等于无罪判决。刑事案件当事人应当明确两院职权划分，庭审阶段积极向法院提交无罪辩护材料，依法维护自身合法人身权益。