无罪辩护的确定主体需区分刑事诉讼的不同阶段，检察院可通过不起诉决定实现无罪化处理，但最终的无罪认定只能由法院通过判决作出。两者在不同诉讼阶段发挥不同作用，权限划分由法律明确界定，具体分述如下：
(一)审查起诉阶段
在审查起诉阶段，检察院作为公诉机关，有权对案件进行审查并作出不起诉决定，其中部分不起诉情形具有无罪辩护的效果。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的属于其中情形之一。
对于证据不足的案件，检察院也可作出不起诉决定。《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第四款规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这种存疑不起诉的作出，意味着检察院不再将案件移送法院审判，从程序上终止对当事人的刑事追究，实际产生了无罪化的法律效果。
但需要明确的是，检察院的不起诉决定并非最终的无罪确定，其本质是程序性的终止诉讼决定，不具有判决的终局性。
(二)审判阶段
最终的无罪确定只能由法院作出，这是由法院的审判职能所决定的。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十二条规定，未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。这一规定明确了无罪确定的唯一主体是人民法院，只有法院通过法定审判程序，才能对当事人作出无罪的实体判决。
在审判阶段，无论被告人或辩护人提出无罪辩护，还是检察院在审查起诉后以无罪为由不起诉，只要案件进入审判程序，法院都需通过庭审查明案件事实、核实证据，依据法律作出最终裁判。
即使检察院在审查起诉阶段未作出不起诉决定，法院经审理认为被告人不构成犯罪的，仍有权依法作出无罪判决。
此外，最高人民法院等五部门联合印发的《关于推进以审判为中心的刑事诉讼制度改革的意见》明确要求，未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。人民法院经审理，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当按照疑罪从无原则，依法作出无罪判决。这进一步强化了法院在无罪确定中的核心地位。
如果检察院作出不起诉决定后，当事人或公安机关有异议，可通过申诉或复议程序处理，但这并不改变不起诉决定的程序性属性。只有法院的无罪判决具有终局性，对当事人的行为作出明确的无罪评价。
综上所述，无罪辩护的确定需遵循刑事诉讼程序分工，检察院可通过不起诉实现无罪化处理，但最终无罪认定权归属于法院。了解两者的职能边界，有助于当事人在刑事诉讼中准确把握维权方向，依托法定程序维护自身合法权益。