合伙企业和有限公司最本质的区别是责任承担方式不同。合伙企业中的普通合伙人要对公司债务承担无限连带责任。如果企业资不抵债，债权人可以追着合伙人个人的房子、车子、存款来还债。有限公司的股东只在自己认缴的出资额范围内承担责任，公司欠的钱还不上了，债权人不能找股东个人要。
法律地位上，有限公司是法人，合伙企业不是法人。法人意味着公司可以自己的名义独立享有财产权、签署合同、参与诉讼。合伙企业虽然也有营业执照，但在法律上不具备独立法人资格，企业的财产本质上还是全体合伙人共有的财产。
设立门槛方面，有限公司要求股东人数在1到50人之间，不能以劳务出资。合伙企业要求至少2个合伙人，普通合伙人可以用劳务出资，也就是拿自己的技术和劳动换股权。这一点对很多创业团队来说是个优势。
权力结构上，有限公司有股东会、董事会、监事会这套成熟的公司治理架构。合伙企业的权力分配主要看合伙协议怎么写，没有法定的最高权力机构，决策方式更灵活但也更容易产生纠纷。
合伙企业不交企业所得税，有限公司要交企业所得税。合伙企业实行先分后税的原则，企业本身不是所得税的纳税主体，利润分配到哪里，哪里再交税。有限公司赚了钱，公司先交企业所得税，分给股东时股东再交个税，这叫双重征税。
合伙企业的税务处理方式是穿透征税。企业把利润按照合伙协议约定的比例分给各个合伙人，自然人合伙人按经营所得缴纳5%到35%的超额累进个税，法人合伙人把分得的利润并入自己的应纳税所得额交企业所得税。不管利润有没有实际分到手，税务机关都认定为已经分配了，这个坑很多创业者踩过。
有限公司的税务负担要看企业规模。符合小型微利企业条件的，企业所得税实际税负只有5%。但公司把利润分给股东时，股东还要再交20%的分红个税。一套账算下来，有限公司的综合税负在特定利润区间内反而可能比合伙企业低，这个结果跟很多人的直觉相反。
两种组织形式在其他税种上没有区别。增值税、附加税、印花税这些，合伙企业跟有限公司的申报方式和税率完全一样。区别只在于所得税这一块，一个走企业所得税路线，一个走经营所得个税路线。
营业执照上最直观的区别是公司名称。有限公司的营业执照，名称中必须包含有限责任公司或者有限公司字样。合伙企业的营业执照，名称中必须包含普通合伙或者有限合伙字样，而且不能出现公司两个字。
注册资本这一栏，两种执照的写法不一样。有限公司的营业执照上明确标注注册资本数额，代表股东认缴的出资总额。合伙企业的营业执照上没有注册资本这个项目，因为合伙企业不要求注册资本，合伙人按照合伙协议约定的出资额投入就行。
营业执照上记载的投资者信息也有区别。有限公司营业执照上写的是股东姓名。合伙企业营业执照上写的是合伙人姓名，并且要区分普通合伙人和有限合伙人。这是因为两类合伙人承担的责任完全不同，必须在执照上公示出来。
还有一个关键区别：有限公司的营业执照是企业法人营业执照，合伙企业的营业执照是非法人营业执照。这两个字的法律含义差别巨大，一个是法律认可的独立主体，另一个在法律上被视为合伙人财产的延伸。