摩托车故意遮挡车牌号一次记9分罚款200元。依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第九条第四项，驾驶未悬挂机动车号牌或者故意遮挡污损机动车号牌的机动车上道路行驶的，一次记9分。摩托车在法律上属于机动车，与小汽车适用同一套记分规则，遮挡车牌的处罚力度完全一致。
依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条，故意遮挡污损或者不按规定安装机动车号牌的，依照本法第九十条的规定予以处罚。第九十条规定处警告或者20元以上200元以下罚款。实际执法中遮挡车牌的罚款金额统一为200元，记9分，没有任何地区差异。
故意遮挡车牌的行为包括使用纸片布套等物品遮盖号牌，将号牌翻转或倒置，在号牌上喷涂颜料导致无法识别，以及号牌破损污损后不及时更换继续上路行驶。这些行为都属于故意遮挡或污损号牌，均适用记9分罚款200元的处罚标准。
依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十条，驾驶机动车不按规定安装机动车号牌的，一次记3分。这里的不按规定安装与故意遮挡是两种不同的违法行为。不按规定安装是指号牌安装位置不正或未使用固封装置，处罚明显轻于故意遮挡。
摩托车遮挡车牌被查处后，交警会当场扣留驾驶证并要求驾驶人恢复号牌原状。依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十六条，伪造变造或者使用伪造变造的机动车登记证书号牌行驶证驾驶证的，由公安机关交通管理部门予以收缴扣留该机动车，处十五日以下拘留，并处二千元以上五千元以下罚款。虽然普通遮挡不涉及伪造，但处罚已经相当严厉。
如果驾驶人对处罚有异议，可以依法申请行政复议。依据《中华人民共和国行政复议法》，公民认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该行政行为之日起六十日内提出行政复议申请。复议期间不停止处罚的执行，复议成功后可撤销原处罚决定。
摩托车遮挡车牌的扣分不会影响到小车驾驶证。依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第四条，机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。这里的记分周期是以每本驾驶证为单位独立计算的，摩托车驾驶证和小汽车驾驶证属于两个独立的记分系统。
依据《机动车驾驶证申领和使用规定》，一个人可以持有多本驾驶证，每本驾驶证都有独立的记分周期和记分额度。摩托车驾驶证被记9分，只会影响摩托车驾驶证的状态，小汽车驾驶证的记分不受任何影响。两本驾照的记分不会合并计算，也不会相互转移。
不过有一种情况会间接影响小车使用。依据《中华人民共和国道路交通安全法》第二十四条，公安机关交通管理部门对机动车驾驶人违反道路交通安全法律法规的行为，除依法给予行政处罚外，实行累积记分制度。如果摩托车驾驶证在一个记分周期内累积记满12分，驾驶人需要参加学习和考试，在此期间不能驾驶摩托车，但可以正常驾驶小汽车。
如果一个人同时持有摩托车和小汽车驾驶证，两本驾照绑定在同一个身份证名下。虽然记分不合并，但在办理驾驶证审验换证等业务时，需要同时处理两本驾照的状态。依据《机动车驾驶证申领和使用规定》，持有两个以上准驾车型驾驶证的驾驶人，应当在每个记分周期结束后三十日内到公安机关交通管理部门接受审验。
依据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第二十三条，公安机关交通管理部门对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为除给予行政处罚外，实行道路交通安全违法行为累积记分制度。记分制度针对的是驾驶人持有的每一本驾驶证，摩托车违章记录在摩托车驾照上，小车违章记录在小车驾照上，两者互不干涉。
如果摩托车驾驶证因记满12分被扣留，驾驶人在参加完为期七天的道路交通安全法律法规学习并通过科目一考试后，记分会予以清除发还驾驶证。依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十八条，机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分满12分的，应当参加为期七天的道路交通安全法律法规和相关知识学习。这个流程只针对被扣分的那本驾照，不涉及其他驾照。