虚开增值税专用发票罪的认定标准经历了从形式审查到实质审查的重大转变。2024年3月20日起施行的两高关于办理危害税收征管刑事案件适用法律若干问题的解释，对该罪的构成要件作出了系统性调整。
根据该解释第十条的规定，虚开行为具体包括五种情形：没有实际业务而开具发票的;有实际应抵扣业务但开具超过实际应抵扣业务对应税款的;对依法不能抵扣税款的业务通过虚构交易主体开具发票的;非法篡改发票相关电子信息的;违反规定以其他手段虚开的。
刑法第二百零五条规定的虚开行为包含四类独立可罚行为：为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开。中间人介绍撮合发票流转同样具备刑事可罚性，不存在所谓的安全中间地带。无论是开票方、受票方还是居间介绍人，只要参与其中，都可能成为本罪的追责对象。
该解释最核心的变化在于确立了出罪规则。为虚增业绩、融资、贷款等不以骗抵税款为目的，没有因抵扣造成税款被骗损失的，不以本罪论处。这意味着成立本罪需要同时满足两大实质要件：主观上具有骗取抵扣国家增值税税款的目的，客观行为造成或者足以造成国家增值税税款损失。这一转变标志着该罪从传统的行为犯转向目的犯加实害犯，大幅收缩了刑事打击范围。
在量刑标准方面，该解释第十一条对数额档次进行了大幅调整。虚开税款数额在十万元以上的应当定罪处罚;五十万元以上认定为数额较大;五百万元以上认定为数额巨大。相比之前的标准，数额巨大的门槛从二百五十万元提高到五百万元，这一调整直接影响了大量案件的量刑档次。
同时，该解释还明确了其他严重情节和其他特别严重情节的认定标准，包括提起公诉前无法追回的税款数额、五年内因虚开受过刑事处罚或二次以上行政处罚又再次虚开等情形。
追诉时效的确定以法定最高刑为基准。根据刑法第八十七条的规定，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年;法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效为十年;法定最高刑为十年以上有期徒刑的，追诉时效为十五年;法定最高刑为无期徒刑的，追诉时效为二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
结合虚开增值税专用发票罪的三档量刑幅度，追诉时效具体对应如下：虚开税款数额在十万元以上不满五十万元的，法定最高刑为三年有期徒刑，追诉时效为五年;虚开税款数额在五十万元以上不满五百万元的，或者具有其他严重情节的，法定最高刑为十年有期徒刑，追诉时效为十年;虚开税款数额在五百万元以上的，或者具有其他特别严重情节的，法定最高刑为无期徒刑，追诉时效为二十年。
追诉时效的起算点为犯罪之日，即虚开行为完成之日。如果存在多次连续虚开的情形，则从最后一次虚开行为终了之日起计算。这一点在实务中非常关键，因为很多虚开行为并非单次发生，而是持续一段时间内的多次操作，追诉时效的起算点会因此延后。
追诉时效还存在中断和延长两种特殊情况。在追诉期限以内又犯罪的，前罪的追诉期限从犯后罪之日起重新计算。在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。这意味着一旦立案，如果嫌疑人逃匿，追诉时效将无限期延长，永远不会过期。