人民法院经审理查明：因环球公司在未取得3号楼加层部分的《建设工程规划许可证》的情况下擅自开工建设加层部分，导致实际建设的总面积与审批确认的总面积值不相符，故不能办理房屋初始登记手续，亦因此不能办理各套商品房的权属手续。后经环球公司申请，北京市规划委员会于2003年6月23日制作（2003）规补字第X64号《关于原则同意补办规划手续的函》，函告环球公司在接受行政处罚、与北侧单位达成书面协议、与被遮挡住房达成书面协议、将北侧市政道路代征地予以清理腾退后，即可补办规划手续。2003年7月28日，北京市规划委员会制作京规行决字（2003）第005X号《行政处罚决定书》，确认：某小区3号住房实际建设规模超出原建设工程规划许可证批准规模的6334平方米已构成违法建设，决定进行处罚处理，罚款金额2533600元。当日，环球公司全额交纳了罚款。之后，环球公司亦分别与某小区北侧的小区开发商北京某房地产开发有限公司及受遮挡的某小区的住户逐一达成补偿协议，并与基础设施规划处、市政交通等涉及对北侧市政道路代征地处理的行政部门达成一致意见，即将该地作为某小区北侧市政路绿化方案的组成部分，维持现状，作为某小区北侧的绿化带及停车场。2005年5月9日，环球公司最终取得所需的《建设工程规划许可证》（2005规建字023X号，确认建设规模76414.49平方米），并于第二日将全部相关手续交于北京市海淀区国土资源和房屋管理局，开始办理房屋初始产权登记手续。
因此，人民法院认为：合法的买卖关系受法律保护。林宇森与环球公司签订的《商品房买卖合同》系双方当事人的真实意思表示，且内容并无违法之处，故该合同合法有效。林宇森与环球公司均应按合同中约定的内容全面履行各自的义务。依据双方的约定，环球公司确实负有在商品房交付使用后60日内，将办理权属登记需由出卖人提供的资料报产权登记机关备案的义务，如因环球公司之原因未履行义务，造成林宇森无法及时取得所购房屋权属证明的后果，则应按林宇森已付房款的5%支付违约金。现依据双方的证据，可以确认环球公司在协调并取得新的《建设工程规划许可证》过程中，虽然采取积极主动的态度，但其在未取得加层建筑审批手续的前提下即擅自开工建设，是最终导致形成违法建设、无法办理房屋初始登记及林宇森长期无法取得产权证明后果的根本原因，具有明显的主观过错。现环球公司的行为已构成违约，理应依据合同的约定，向林宇森支付违约金。就诉讼时效一节，虽然林宇森在向环球公司主张时未明确提出索取违约金的主张，但其持续向环球公司主张办理权属登记手续的行为，已足以表明其维护自身权益的意思表示，足以产生中断林宇森主张违约金诉讼时效的效果。故法院对环球公司有关诉讼时效的抗辩事由不予采信。鉴于环球公司现已向相关部门提交所需手续，并开始办理房屋初始登记，法院对此不再另行确认期限。待环球公司取得房屋初始登记后，应及时协助林宇森办理所购房屋的权属登记，林宇森亦应予以必要的配合。环球公司履行协助办理权属登记证明手续的限期，将由法院酌情确认。
于是判决如下：一、环球公司在取得本市海淀区罗庄南里某小区一到三号楼的初始产权登记手续后的三十日内，将为办理北京市海淀区罗庄南里某小区三号楼首层08室住房权属登记所需的，应由环球公司提交的全部材料交付行政主管部门，逾期不提交的，则以总房款为基数，按中国人民银行同期活期存款利率向林宇森支付自逾期之日至实际交付上述材料时止的逾期赔偿金；二、本判决生效后十五日内，环球公司向林宇森支付违约金人民币十三万九千三百二十二元。