一是针对的对象不同。
医保针对的是病，且有规定的个人自负比例；工伤保险针对的是因工受到事故伤害的人员，或旧伤复发部位，或并发症的医疗费用，且按规定实报实销。
二是享受待遇的条件不同。
医保报销范围、报销比例都达不到工伤保险规定的范围和比例。但发生事故伤害后，需进行工伤认定和劳动能力鉴定后才能享受相应的工伤保险待遇。
三是享受待遇的标准不同。
医保待遇中，个人需按比例承担相应费用，在治疗期间按病假处理。而工伤保险，因工伤发生的费用从工伤保险基金支付的就有9项：
治疗工伤的医疗费用和康复费用；
住院伙食补助费；到统筹地区以外就医的交通食宿费；
安装配置伤残辅助器具所需费用；
生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；
一次性伤残补助金和一级至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；
终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；
因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；劳动能力鉴定费。由用人单位支付的有3项：治疗期间，原工资福利待遇不变；
五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；
终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。