申请司法赔偿的程序为：
违法行为得到确认。违法行为得到确认是司法赔偿的前提，确认可以是由侵权机关主动地或依申请作出，也可以是其他有权机关作出。
向赔偿义务机关提出赔偿请求。作出错误决定或违法侵权行为的机关为赔偿义务机关，赔偿请求应先向赔偿义务机关提出，赔偿义务机关应当在收到申请之日起2个月内作出赔偿或不赔偿的决定。
向上一级机关申请复议。赔偿义务机关逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可以自期间届满之日起30日内向其上一级机关申请复议。复议机关应当自收到申请之日起2个月内作出决定。赔偿义务机关是人民法院的，赔偿请求人可以向其上一级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。
向复议机关的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。赔偿请求人不服复议决定的，可以在收到复议决定之日起30日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定;复议机关逾期不作决定的，赔偿请求人可以自期间届满之日起30日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。人民法院赔偿委员会的决定具有终局效力。
参考法条：国家赔偿法第20、21、22条