正确处理医疗事故是保障病员和医务人员合法权益的需要，是避免医疗事故重复出现的措施。因此，医疗事故的处理是一项严肃的科学性很强的工作，必须认真做好。
组建医疗事故鉴定委员会并充分发挥其作用是医疗事故处理的组织保证。
收集现场调查资料是医疗事故鉴定的重要步骤。这个步骤应包括收集证言、病史、保存原始病历、封存现场实物、尸检五个方面的内容。
开好鉴定会是医疗事故鉴定和处理的关键环节。会上要把准备好的材料，如调查报告、病历摘要、尸检报告、送检结果报告等，向鉴定委员会的成员—一介绍，然后由参加会议的委员进行充分的议论。结论时按少数服从多数的原则进行表决。 对争议较大的案例，不急于结论，暂时休会。属于情节不清的再做补充调查，属于学术上的争论，会后委员们查找资料，待成熟后重新立会。
在医疗事故的定性问题上，严格掌握医疗事故与非医疗事故的界限，医疗事故与医疗差错的界限，责任事故与事故的界限。
鉴定会要做好会议记录和录音，写好医疗鉴定报告或会议纪要。
关于肇事者的处理问题，本着教育从严、处理从宽的原则。根据医疗事故的性质、等级、情节轻重、本人态度和一贯表现，分别给予通报批评，行政处分，情节恶劣已构成犯罪的，移交司法机关。技术事故的责任者，通常以吸取教训为主，免于行政处分。责任事故的肇事者，除通报批评外，给予不同的行政处分。三级事故给警告处分;二级事故记过处分;一级事故给记大过处分。