被封杀的网站均认为，百度之所以对他们进行封杀，是为了强制推广其竞价排名服务。
但百度企业市场部总监舒迅对封杀一说断然否认：“百度搜索引擎上是否收录一个网站，与这个网站是否参与百度竞价排名推广没有任何关系。百度收录的中文网站数是全球最多的，但并不承诺收录每一个网站。”
百度声称，这些网站之所以在百度上搜索不到，是因为它们都违反了百度搜索引擎的“反垃圾网站规则”，通过作弊的方式在搜索结果中获得较高的排名位置。百度绝对不能容忍网站的作弊行为。因此，对这些网站进行了处罚。
“比如说，在网络上存在着大量指向全民医药网的垃圾链接，触发了百度反作弊机制。因此，百度对其进行了减少收录作弊网站数量的处罚。”百度解释说。
王冠珏质疑百度的说法。他说，全民医药网没有发过垃圾链接。在网上有大量的博客群发工具、论坛群发工具。业内人士都知道任何一个人只要购买了这个工具就可以制造垃圾链接，让任何一个网站包括百度的垃圾链接满天飞。“如果这样的话百度会封杀自己吗百度是在蒙蔽网络知识淡薄的群众。”