1、 注册国家的局限性：
马德里联盟成员国偏重于欧洲国家，一些同我国贸易联系密切的国家，诸如美国、加拿大及东南亚各国目前还不是成员国。我国企业无法通过马德里国际注册途径在这些国家取得商标注册。
2、 要求以国内申请/注册为基础：
国际注册必须以国内商标申请/注册为基础。在《马德里协定书》项下，申请必须基于相同商标的国内注册或初步申请公告;在《马德里议定书》项下，申请必须基于相同商标的国家注册申请，因此，在申请的时间上有一定的限制。
3、 注册效力的不稳定性：
由于国际注册要求以国内申请/注册为基础，五年后才能与原属国的注册脱钩，因此一旦原属国的注册在五年内被撤销，国际注册也随之将被撤销，这一情况又被称之为"中心打击原则"。