因自建房发生纠纷的，双方之间协商不成的，可以申请当地乡级人民政府处理，涉及土地纠纷的，也可以申请县级以上人民政府处理。
其实农村土地纠纷问题，原则上属于一般的民事纠纷，可以找以下部门依法处理：
一、村委会或镇、乡政府，或者县政府土地管理部门调解处理;
二、可以找土地管理部门进行确权申请;
三、可以向法院提起诉讼;
四、其他部门。
1、协商。双方依靠自身力量，相互妥协和让步，解决纠纷。该方法快捷简便、心平气和，但应以书面方式记载协商内容。
2、调解。由第三方介入促使争议各方相互谅解和让步，最终化解矛盾。当争议各方失去对话基础，寻求第三方调解实为高明选择。
3、仲裁。将纠纷提交仲裁机构，由其居中裁决的纠纷解决机制。仲裁一裁终局制，一方不履行仲裁裁决，对方可以申请法院强制执行。
4、诉讼。一方向法院提出请求，由法院裁决纠纷的制度。诉讼是最终、最权威的纠纷解决机制，是当事人保护权利的最后屏障。
一、集资纠纷案件，包括机关、企事业单位内部为生产、经营、建房而向职工集资引发的纠纷案件以及未经依法批准向社会不特定对象进行的乱集资活动而引发的纠纷案件。
二、以“买卖”形式进行的非法“传销”活动而引起的纠纷案件。
三、因政府行政管理方面的决定、体制变动而引起的房地产纠纷案件。
四、因企业改制或者企业效益不好等原因出现的企业整体拖欠职工工资而引发的纠纷案件以及因劳动制度改革而出现的职工下岗纠纷案件。
五、政府及其所属主管部门进行企业国有资产调整、计划划转过程中的纠纷案件;因企业改制过程中违反民主议定原则或者因企业改制而引起的职工安置纠纷案件等。
六、村民因土地补偿费、安置补助费问题与农村集体经济组织发生的纠纷案件，但是直接支付给个人，未经集体经济组织安排发生的纠纷案除外。
七、政府部门对土地所有权(使用权)争议作出处理决定生效后一方当事人不履行，另一当事人以民事侵权诉讼的案件。
八、地方政府根据农业产业化政策及规模经济的发展要求，大规模解除农业承包合同而发生的纠纷案件。
九、在合作化时期入社而参加裁缝社、铁器社、理发店、马车队等小集体经济组织的职工要求分割该集体经济组织积累的财产而发生的纠纷案件。
十、以“两会一部”为债务人的纠纷案件以及“两会一部”与农户间的纠纷案件。
十一、当事人申请破产但提交的申请企业破产材料不齐备，职工安置不落实的案件。
十二、因操纵投价、内幕交易等证券违法行为而引起的证券侵权纠纷案件，但是因虚假陈述已经有关机关行政处罚或者人民法院的刑事裁判的，受害人提起侵权的案件除外。