绿色食品的标准包括环境质量标准，生产操作规程、产品标准、包装标准、储藏和运输标准及其他相关标准，是一个完整的质量控制标准体系。
绿色食品产地的生态环境质量标准是指：农业初级产品或食品的主要原料，其生长区域无工业企业的直接污染;水域上游、上风口无污染源对该地区构成污染威胁;该区域的大气、土壤质量及灌溉用水、养殖用水质量均符合绿色食品大气标准、绿色食品上壤标准、绿色食品水质标准，并有一套具体的保证措施。
绿色食品的生产操作包括种植业、畜牧业、养殖业和食品加工业各个环节必须具有遵守的规范程序，以及农药、肥料、食品添加剂、饲料添加剂和兽药的使用原则。
绿色食品产品标准参照国际、国家、部门行业标准制定，通常高于或等同于现行标准，有的还应该有检测项目。绿色食品产品标准包括质量和卫生标准两部分，其中卫生标准包括农药残留、有害重金属污染和有害微生物污染。
绿色食品产品的包装、装潢应符合《绿色食品标志设计标准手册》医学教|育网搜集整理的要求。取得绿色食品标志使用资格的单位，应将绿色食品标志用于产品的内外包装。《手册》对绿色食品标志的标准图形、标准字体、图形与字体的规范组合、标准色、广告用语及用于食品系列化包装的标准国形、编号规范等要作严格规定，同时加上了应用示例。
在参照国外与绿色食品相类似的有关食品标准的基础上，结合我国国情，中国绿色食品发展中心将绿色食品分为两类，即AA级绿色食品和A级绿色食品。