印花税增加了投资者的成本，这使它自然而然地成为政府调控市场的工具。市政府在开征股票交易印花税后半年不到的时间内，改单向征收买卖双向征收6 的交易印花税，以平抑暴涨的股价。1991年10月，鉴于股市持续低迷，深圳市又将印花税税率下调为3 。在随后几年的股市中，股票交易印花税成为最重要的市场调控工具，1997年5月9日，为平抑过热的股市，股票交易印花税由3 上调至5 ;1998年6月12日，为活跃市场交易，又将印花税率由5 下调为4 ，1999年6月1日，为拯救低迷的b股市场，国家又将b股印花税税率由4 下降为3 。2001年11月16日，财政部调整证券(股票)交易印花税税率。对买卖、继承、赠与所书立的a股、b股股权转让书据，由立据双方当事人分别按2 的税率缴纳证券(股票)交易印花税。 2007年5月30日，财政部突然宣布将两市证券交易印花税由千分之一上调至千分之三，引发市场著名的5 30大跌，不到10个交易日内沪指由29日收盘的4334点跌至3404点。2008年4月24日，财政部又出手 救市 ，将印花税下调至千分之一，当日沪指暴涨9.29%(即著名的4 24行情)。同年9月18日，财政部又将印花税改为单边征收，当日两市a股全线涨停报收(即9 18大救市)。
从世界主要股票市场发展经验看，取消股票印花税是大势所趋。1999年4月1日日本取消包括印花税在内的所有交易的流通票据转让税和交易税。2000年6月30日，新加坡取消股票印花税。
目前，我国的证券市场正逐渐与世界市场衔接，特别是qfii的出台让境外投资机构不断涌入，推行与国际惯例接轨的印花税税率将是一种必然的趋势。