(一)协议的效力问题
宅基地转让协议的效力要看具体的签约对象，如果是本集体经济组织内部成员之间转让宅基地的，那么该协议是有效的;如果是向本集体经济组织以外的人且未获得集体经济组织同意的，转让宅基地使用权，那么就是无效的。因为根据土地管理法的规定，宅基地属于集体经济组织所有，为了满足本集体经济组织成员的居住和生活需要，不能向本集体经济组织之外的成员进行转让。
(二)协议无效的法律后果
根据合同法的规定，协议无效的法律后果是恢复原状，但是由于房屋买卖关系着人的基本居住权和生存权，因此一味的恢复原状也不利于问题的解决，因此可采取了变通的做法，如果房屋尚未交付使用的恢复原状;如果该房屋已经交付买方居住使用，那么本着尊重和维持现状的原则处理，驳回产权人要求购买人迁出的诉讼请求。
(三)如果遇到拆迁怎么办
宅基地转让协议签订履行后遇到拆迁的，那么法院可以直接以判决动迁款的归属的方式处理双方之间的纠纷，如果购买人是本集体经济组织的，那么动迁款均归购买人所有，如果购买人非本集体经济组织成员或者甚至是城镇户口的，那么在动迁款分配过程中可按照三七开的原则处理。
宅基地房屋拆迁的补偿标准是多少?
1、征收农民集体所有土地补偿安置的具体办法，由国务院制定。依照国务院制定的具体办法，省、自治区、直辖市可以规定补偿安置的具体标准。
2、征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿;征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费;土地补偿费和安置补助费的总和不得超过土地被征收前三年平均年产值的三十倍。
3、征地补偿包括土地补偿，被征地农民的安置补助与社会保障费用，农民村民住宅补偿，以及其他地上附着物补偿和青苗补偿。
4、在住房保障方面。将对城市规划区内的被征地农民提供该国有土地上的房屋，无法提供的按照市场价给予货币补偿;城市规划区外则安排宅基地重建住房并按照新建房屋成本给予补偿。
宅基地可以抵押吗?
不可以。农村宅基地所有权是属于村集体的，农民对宅基地和承包地都是只有使用权的，用宅基地和承包地抵押贷款是不行的。宅基地使用权指的是农村集体经济组织的成员依法享有的在农民集体所有的土地上建造个人住宅的权利。根据我国物权法的规定，宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权利用该土地建造住宅及其附属设施。
《中华人民共和国物权法》则明确规定，除买卖、公开协商等方式承包的四荒地"等农村土地可以抵押外，其他方式承包的农村土地是不允许抵押的。宅基地使用权的主体只能是农村集体经济组织的成员。宅基地使用权是不可以抵押的。